法律分析：员工与公司之间发生的借款纠纷可以进行起诉处理。具体有以下做法：1、可以向法院起诉。2、既然是公司的职工，双方之间可以与之进行协商，从劳动者每月的工资中扣出一部分作为还款资金。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第二条 中华人民共和国民事诉讼法的任务，是保护当事人行使诉讼权利，保证人民法院查明事实，分清是非，正确适用法律，及时审理民事案件，确认民事权利义务关系，制裁民事违法行为，保护当事人的合法权益，教育公民自觉遵守法律，维护社会秩序、经济秩序，保障社会主义建设事业顺利进行。
第三条 人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。