有区别，二者是针对两种不同的参保人群设置的
社会保险。城镇居民医疗保险针对的是
城市居民和企业职工，而
新农合针对的是农村人口实行的医疗保险制度。
1、缴费标准不同：医保含于社保，是按月缴费的，费用由用人单位和职工按照比例共同缴纳，不同地区缴费金额、缴费比例不同；新农合是按年缴纳的，采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金，国家对不同的地区补贴力度也是不一样的，所以新农合有很强的地域性。
2、报销比例不同：虽然多地区都开始实行
城镇居民医疗险和新农合统一政策，但是毕竟还需要时间，
城镇医保的报销指数比新农合稍微高点。医保的报销范围比较高，最高的有90%，最低的异地报销至少也有50%；新农合的报销比例较低，一般为50~70%，异地报销的时候，报销比例可能只有30~40%。
3、投保对象不同：医保是针对城镇职工及城镇人员参加，新农合是由持
农村户口的农村居民参加的。
4、报销范围不同：城镇医保在报销范围上比新农合稍微广一些，新农合在一些大医院门诊不能报销，但是正在向城镇居民医疗险靠拢。
5、参保年限不同：医保参保是男性满25年、女性满20年。退休时男性缴费年限累计不满30年，女性缴费年限累计不满25年，用人单位和职工个人按规定一次性补足医疗保险费的，可认定为缴费年限届满；新农合是一年交一次费用，就目前来说，国家没有设定新农合的参保年限，即交了就能享受报销待遇，不交就享受不到。
注意：医保覆盖范围比较广，医疗报销比例比较高，所以建议注销新农合缴纳社保。而且，社保和新农合是无法同时报销的。生病住院时只能选择一种，那么社保是首选。