河海大学研究生院致力于多元化的学科建设，涵盖多个重要领域。其中包括水文水资源、环境科学、水利水电、土木与交通工程、港口海岸与近海工程、机电工程、计算机与信息科学、能源与电气工程等多个方向，为学生提供了广阔的发展平台。
研究生教育在河海大学得到了充分的重视，学校共有17个院系提供研究生招生服务，2009年在校的博士和硕士研究生总数达到7919人，显示出强大的学术实力。研究生院凭借其优秀的研究设施，紧密连接学校内部的各类研究院、工程中心和实验室，致力于培养具备深厚理论知识和实践能力的高质量研究生。
学校拥有一流的科研机构，包括基础性和原创性研究的科学研究院，以及国家重点实验室和国家工程研究中心。此外，还有31个研究所和31个研究中心以及60个实验室，这些资源为研究生的研究工作提供了丰富的学术支持和先进的实验设备。这无疑为河海大学研究生的学术成长和科研创新奠定了坚实的基础。
学校研究生教育始于50年代，是国家首批招收博、硕士生的单位和全国最早开展研究生教育的学校之一。学校现有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科，9个省级重点学科；9个国家级以及省部级重点实验室、6个国家级以及省部级工程研究中心；7个博士后流动站；38个博士点，124个硕士点，18个工程硕士专业学位领域及工商管理硕士（MBA）专业学位授权点和15个高等学校教师专业硕士学位授权点。现有博士生导师139人，硕士生导师498人，中国科学院院士、中国工程院院士12人（含双聘院士）。