在矩阵组织结构中其指令源有2个。
矩阵式组织结构形式是在直线职能式垂直形态组织系统的基础上，再增加一种横向的领导系统，它由职能部门系列和完成某一临时任务而组建的项目小组系列组成，从而同时实现了事业部式与职能式组织结构特征的组织结构形式。矩阵式组织结构也可以称之为非长期固定性组织结构。
具有双道命令系统，两道系统的权力平衡是这一组织结构的关键。但在现实中无法存在绝对的平衡，因而在实际工作中就会存在两条相互结合的划分职权的路线：职能与产品。
并形成两种深化演化形式：职能式矩阵和项目式矩阵。前者是以职能主管为主要决策人，后者则是以产品/项目负责人为主。这种组织结构最为突出的特点就是打破了单一指令系统的概念，而使管理矩阵中的员工同时拥有两个上级。
矩阵式组织结构案例：
矩阵式组织结构是一种十分常见的组织结构，其应用已有30多年，一般比较适用于协作性和复杂性强的大型组织。国际商用机器（IBM）、福特（Ford）汽车等公司都曾成功地运用过这种组织结构形式。
矩阵式组织结构的高级形态是全球性矩阵式组织结构。一般认为，这种组织结构方式可以使公司因为提高效率而降低成本，同时，也因较好创新与顾客回应，而使其经营具有差异化特征。这种组织结构除了具有高度的弹性外，同时在各地区的全球主管可以接触到有关各地的大量资讯。
它为全球主管提供了许多面对面沟通的机会，有助于公司的规范与价值转移，因而可以促进全球企业文化的建设。全球性矩阵式组织结构已在全球性大企业如ABB、杜邦、雀巢、菲利普、莫里斯等组织中进行运作。