发根农杆菌（emphasis：role=italicAgrobacterium：rhizogenesemphasis）是与根癌农杆菌同属的一种病原土壤杆菌，与根癌农杆菌不同的是，发根农杆菌从植物伤口入侵后，不能诱发植物产生冠瘿瘤，而是诱发植物产生许多不定根。
这些不定根生长迅速，不断分枝成毛状，故称之为毛状根或发状根（hairy：root）。发状根的形成是由存在于发根农杆菌中的Ri质粒（root：inducing：plasmid，根诱导质粒）所决定的。i质粒是发根农杆菌染色体外的遗传物质。属于巨大质粒，其大小为200800kb。Ri质粒和Ti质粒不仅结构、特点相似，而且具有相同的寄主范围和相似的转化机理，与Ri质粒转化相关的也主要为Vir区和T-DNA区两部分。Ri质粒的T-DNA也存在冠瘿碱合成基因，且这些合成基因只能在被侵染的真核细胞中表达。
与Ti质粒相同，Ri质粒基因转化载体的构建也主要采用有共整合载体和双元载体系统。由Ri质粒诱发产生的不定根组织，经离体培养后，一般都可再生完整的植株，因此，利用Ri质粒作为转基因植物的载体，同样具有诱人的前景。