一、获得的经济效益不高
这点看似说不通，明明鱼类会节省肥料的成本，为什么节省了成本还会没有经济效益?其实鱼类虽然为稻田提供了肥料，但是稻田的生产量并没有因此上涨，甚至在一些地区还会出现不如用肥料人工施肥的收成情况。这样一来所获得的收益减少了，那么农民自然就不愿意再继续这种模式种植稻田了。此外，养殖鱼类也是需要大量的成本的，农户们需要花费更多的时间打理，投入上去了，产出却不见一涨，农民们自然不愿意在继续这样的养殖方式了。
二、稻田养鱼的模式不适合大规模的养殖
靠人一种植庄稼的模式是小农经济下各家各户的分散经营模式，而在农业发展趋势必然是规模化规范化的。这是现代农业发展的要求，也是为了节省成本，追求获得最大效益的量产。因此无论是施肥还是播种，或者收割都是要采取这种大规模的作业方式的。就像80，90后小时候在农村还能看到有人一收割麦子的情况，汗流浃背十分辛苦，现在基本上都是大型康麦因来收割了，既省时又省力，就是这个道理。而大规模的机概化作以方就是无法保障栏一里鱼类的安全的，大比这种种植樘式票能在一些地形较崎岖或者梯田等地区才能适用。因为在这类地区水稻的产值本身就不高，自然就需要有其他的养殖方式来进行补贴。这种种植模式在这类地区所耗费的人力资源也比较高，不太划算。
三、现实问题
这种养殖模式还面临着一些实际困难，看似配合的很好的两种模式搭配在一起只是一种很美好的构想，真正操作起来难度还是很大的。例如在生态环境方面，稻田里养育的水源要如何得到保障，既不能深又不能浅，遇到干旱时节更是没办法保障，操作难度大。而且一旦有一家人没有采取这种模式，那就在稻田种植的时候不可避免的需要使用传统的农药，肥料等。这样一来，各地公用的水源就会将这些农药等带到其他户的农田中，不利于鱼类的生长，严重的还会导致死亡。再比如技术推广方面，如何养鱼对大部分农户来说是一件没有经验的事情，这就需要由技术人员前来指导。不过农户本身的接受能力，接受程度和实际操作能力都是一个个问号，关系到一家人一年的收成，农民的选择自然也是十分谨慎的。
四、和现在人们的心态也有一定关系
在农村种地被许多年轻一代看成是没有出路，不赚钱的一种方式，在收成不好的时候稻田养鱼的模式看似有利可图，但是现在就业方式尤其的广泛，更多人原意到城市里闯出一番事业，这在家里种田能赚更多的钱，这种现实但是又合理的想法也使得越来越少人会用这种种植方式了。