主要区别是，性质不同、取得方式不同、土地性质不同、交易税费不同，具体如下：
一、性质不同
1、还建房
为统一规划市政建设，需要对城市郊区农民原建住房进行拆迁，为妥善安置拆迁群众的居住用房，政府有计划地统一建房分配给拆除了原住房的居民。这种住房，称为还建房或统建房、统建楼。
2、商品房
是指经政府有关部门批准，由房地产开发经营公司（个人、外国公司）向政府机关单位租用土地使用权期限40年、50年、70年开发的房屋，建成后用于市场出售出租的房屋，包括住宅、商业用房以及其他建筑物。商品房又称“大产权房”。
二、取得方式不同
1、还建房
还建房主要是以补偿形式取得。
2、商品房
商品房是以货币交易的形式购买。
三、土地性质不同
1、还建房
大多数还建房是政府划拨土地兴建，土地性质为划拨地。
2、商品房
商品房全部是出让地。
四、交易税费不同
1、还建房
土地为划拨地的还建房在交易过程中是需要向地方税务部门缴纳一定的土地出让金。
2、商品房
没有土地出让金这笔费用。
参考资料来源：百度百科-还建房
参考资料来源：百度百科-商品房
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