股东大会决定。股份公司和有限公司都是公众公司，在这方面是一样的。
根据《非上市公众公司重大资产重组管理办法》规定
第十三条 公众公司进行重大资产重组，应当由董事会依法作出决议，并提交股东大会审议。
第十九条 公众公司向特定对象发行股份购买资产后股东累计超过200人的重大资产重组，经股东大会决议后，应当按照中国证监会的有关规定编制申请文件并申请核准。
中国证监会受理申请文件后，依法进行审核，在20个工作日内作出核准、中止审核、终止审核、不予核准的决定。
第二十条 股东大会作出重大资产重组的决议后，公众公司拟对交易对象、交易标的、交易价格等作出变更，构成对原重组方案重大调整的，应当在董事会表决通过后重新提交股东大会审议，并按照本办法的规定向全国股份转让系统重新报送信息披露文件或者向中国证监会重新提出核准申请
依据公司法，重大的资产转让（一般认定>30%总资产）肯定是要由股东会决策的，这个在股份公司也好，有限责任公司也好，没有实质性的区别。
董事会相当于在股东会的授权下履行职责，具体的权限划分在公司法里都有明确的界定，有些公司的章程里约定的会更细致，你可以在网上找份公司法看一下
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