牡丹的栽培品种很多。分为观花类、根用（药用）类、二者兼用类。仅观花类就有500种之多。主要分为：红色类、紫红色类、粉色类、粉蓝（雪青）色类、白色类、紫色类、黄色类、墨紫色类、复色类，还有三绿色类等。
根据土质、气候、栽培条件的不同，各地已形成了当地的特色品种。比如菏泽现在栽培的品种有850余个，主要有紫金荷、玉玺映月、蓝月、花二乔、妙龄、粉蓝盘、景玉等。洛阳现在栽培的主要是：墨魁、二乔、姚黄、魏紫等600余个品种。其他各牡丹产区也都有自己当家名品。
目前栽培中主要有“昆山夜光”（白色花）、“姚黄”（淡黄色）、“赵粉”（粉色花）、“紫二乔”（紫红色花）等。