可以抵扣。通行费电子普通发票分为征税发票和不征税发票两种，增值税一般纳税人可以通过本地增值税发票选择确认平台进行通行费电子发票抵扣，也可以前往主管国税机关办税服务厅，由相关工作人员辅助其进行通行费电子发票的抵扣。
法律依据：
交通运输部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告
三、通行费电子发票开具规定
（一）通行费电子发票分为以下两种：
1.左上角标识“通行费”字样，且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票（以下称征税发票）。
2.左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”的通行费电子发票（以下称不征税发票）。
四、通行费电子发票其他规定
（一）增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。
按照有关规定不适用网络办税的特定纳税人，可以持税控设备前往主管国税机关办税服务厅，由税务机关工作人员通过增值税发票选择确认平台（税务局端）为其办理通行费电子发票选择确认。
收费公路通行费增值税进项税额抵扣政策按照国务院财税主管部门有关规定执行。