党卫军骷髅师的前身骷髅总队（也称死亡总队，SS-Totenkopfverbände，其中的Totenkopf是骷髅的意思，而verbände是verband的复数，解释为组织或协会），这是专门从事灭绝活动的组织。事实上，骷髅总队只是一个泛称，是指二战时期管理纳粹集中营的党卫队，包括辅警、武装SS、普通SS与专门的“特别队员”。后来以这些部队中的一部分军官、士兵为基础，组建党卫军第三“骷髅”装甲师。它的指挥官特奥多尔·艾克曾经对他的部下说过：“要冷酷无情的对待我们的敌人，以不辜负我们的骷髅徽章”。骷髅部队的右侧领章不是党卫军传统的SS，就是一个骷髅，袖标最后也改为骷髅标志，他们的军装上要比其他党卫军部队多两个骷髅徽章。
其最初成员大多来自“骷髅部队”（Totenkopfverbande），而骷髅部队最早可以追溯到1740年腓特烈·威廉一世（Frederick William I）葬礼旗帜上的骷髅图案，为了纪念这位先皇，在次年成立了皇家近卫队——第一和第二近卫轻骑兵团（Leib-Haussaren Regiment），他们身着黑色制服并且在皮毛帽子上绣上骷髅标志。在一次大战中骷髅图案也成为德军精锐部队的标志，例如突击部队和装甲部队等等。在一战结束后少数的自由军团也把骷髅标志漆在钢盔和车辆上，因为它也有着传统主义、反自由主义和反共产主义的涵义。后来在30年代初被定为党卫队和其下属骷髅部队的标志，其意义党卫队高级指导处的真正创建者阿洛伊斯·罗森温克曾说过：“我们在我们的黑色帽子上佩带骷髅标志，借以警告我们的敌人，并向我们的领袖表示，我们随时准备用自己的生命去实现他的理想。
波兰战役后，新建了一些武装党卫队师团。第3武装党卫队师由一些参加过波兰战役的“骷髅”单位和国内“骷髅”组织的后备队加上其他一些武装党卫队辅助部队而组成。其中一些来自武装党卫队“Heimwehr Danzig”部队，它原先是武装党卫队骷髅营“Gotze”，经过扩编后改名为武装党卫队“Heimwehr Danzig”部队，规模在营与团之间。这个部队在陆军指挥下参加了波兰战役，之后一些部队被调出以作为新成立的“骷髅”师的骨干。“骷髅”师在Dachau附近的武装党卫队训练基地编成，随后在Wurttemberg和Truppen Ubungsplatz Obermunsingen接受进一步培训。当培训结束后，正式任命了Theodor Eicke为该师师长，他原先是国内“骷髅”组织的总指挥。
1943年2月，该师回到东线加入南方集团军群。随后参加了对苏军冬季攻势（已经在斯大林格勒歼灭了第六集团军）的反击。在第二次哈尔科夫会战中，它加入了南线反击部队，为重夺哈尔科夫立下了战功。在这期间，该师师长Eicke战死。那以后，它参加了库尔斯克会战，在南线与党卫队兄弟部队一起参与了几场最重要和最血腥的战斗（包括了在Prochorovka的坦克大战）。会战结束后，“骷髅”师担当起了东线的预备队（消防队），转战东线南部和中部近一年之久。在这期间，1943年10月它被改编成了装甲师，名字也改为：第3武装党卫队“骷髅”装甲师。
1944年，整个东线的情况变得非常糟，苏军在每个地段都取得了突破。特别是在中央战线，苏军在一场可能是二战中最大的攻势里打垮了德军中央集团军群，两周内向前推进了超过三百公里。当攻势停止时，他们已经渡过维斯瓦河，站在华沙的大门口了。为配合苏军的挺进，华沙城内爆发了起义，“骷髅”师和其他部队一起紧急赶往华沙地区，制止了苏军的前进并镇压了起义（除开道义因素，不能不说这是一个非常了不起的军事成就，后方不稳，面对强敌，很不容易）。近两个苏联集团军被“骷髅”装甲师和“维京师”以及陆军第19装甲师一起击退，被迫回撤至维斯瓦河对岸。
随后，该师被派往南方参加布达佩斯解围战。为了解救被围的45,000德军，“骷髅”师一直打到了布达佩斯机场，但迫于苏军的强大兵力和资源优势，始终未能达到目的。（战史上也有争论，因为该师被从机场附近撤回，在布达佩斯北面发起攻势，希望能包围和摧毁一些苏联部队，但未达目的。如果从机场继续攻击，有可能为被围部队打开一条通路，但这是后话了。）
从那以后，随后该师在布达佩斯以西进行防御作战，一直退到维也纳附近。该师于1945年5月9日向美军投降，但作为战俘被移交给了苏军。
在党卫军骷髅师所经历的恶战中，最令该师官兵难忘的恶战，无疑是从1941年9月到1942年4月的德米扬斯克战役，这场历时将近半年的恶战令骷髅师的减员数量为全师作战人员数量的1/2，同时也是这次战斗令骷髅师赢得了前所未有的荣誉，所有的骷髅师成员因为此次战役的出色表现，被授予“德米扬斯克战役纪念臂章”并且荣获“starkemote”的荣誉称号，使骷髅师从此成为所有苏军最头痛的几支党卫军部队之一。在德米扬斯克的恶战后，该师（战斗群）撤往Lovat河附近休整，但一部分部队留在了德米扬斯克继续执行防御任务，直到1942年10月整个师团前往法国进行整编。 德米扬斯克包围战体现了骷髅师顽强的战斗力，事后希特勒特意命令参谋本部设计“德米扬斯克纪念臂章”每名骷髅师成员皆可获得。参与行动的全部士兵也都获得了该荣誉臂章。这一战之后，骷髅师真正的打出了威风和名声，成为了苏军最恐惧的几只德军部队. “骷髅”师的第一任指挥官西奥多·艾克（Theodor Eicke，他曾两度担任该师的师长）在担任了师长后表现得很能够适应军人的精神状态。他这个早先的集中营看守人员仿佛变了样，整天待在他的司令部里，剪取形势图的战术标记，用这些标记在地上摆弄，模拟一个师如何行军——他是偷偷地干的，以免他的总参谋部里首席参谋部军官对他突然爱上军事有所觉察。当1942年2月8日苏联部队在德米扬斯克包围了“骷髅”师和另外5个陆军师时，苏军发现，在德国的师一级将领中，艾克是一个考虑周密而又十分顽强的对手。陆军元帅布施曾这样说过：特别要归功于“副总指挥艾克的有力指挥”，使得在德米扬斯克被包围的部队能坚持几个月之久。随后，其他党卫军部队配合陆军强行打开包围圈，解救了苏联军队重围的德米扬斯克要塞防守部队。德军统帅部专门为这次战役设计了“德米扬斯克战役纪念臂章”，“骷髅”师每名士兵都获得了该纪念臂章。但是艾克在1943年2月26日的哈尔科夫战役中阵亡，对该师的士气产生了很大的影响。 “骷髅”师的末任师长、骑士十字勋章获得者Hellmuth Becker，1945年他被移交给苏联后被叛服劳役25年，当他在监狱里服刑时，有传言说他准备了一枚手榴弹要炸开围墙逃跑，因此1952年5月28日他被苏联人绞死。
作战历史：
12.39 预备队 OKH - 斯图加特 1.40 - 5.40 预备队 OKH - Alzey/Brilon 6.40 预备队 - B 法国北部, 波尔多 7.40 - 8.40 14 2 C 波尔多 9.40 - 10.40 - 7 C 波尔多 11.40 - 12.40 31 7 D 波尔多 1.41 - 4.41 39 7 D Dax, Mont-de-Marsan 5.41 31 7 D Dax, Mont-de-Marsan 6.41 - 第4装甲集群 北方 Kovno 7.41 56 第1装甲集群 北方 Pleskau 8.41 28 16 北方 Luga, Waldai 9.41 56 16 北方 德米扬斯克 10.41 - 2.42 10 16 北方 德米扬斯克 3.42 - 9.42 2 16 北方 德米扬斯克 10.42* 10 16 北方 德米扬斯克 11.42 预备队 - D 法国南部 12.42 预备队 1 D Perpignan 1.43 - 2.43 预备队 - D 法国南部 3.43 党卫队装甲军 第4装甲集团军 南方 哈尔科夫 4.43 罗斯装甲军Raus 肯普夫集群 南方 哈尔科夫 5.43 预备队 肯普夫集群 南方 哈尔科夫 6.43 整编 - 南方 哈尔科夫 7.43 2SS 第4装甲集团军 南方 Bjelgorod 8.43 预备队 6 南方 Stalino 9.43 47 8 南方 第聂伯Dnjepr 10.43 11 8 南方 第聂伯Dnjepr 11.43 - 12.43 52 第1装甲集团军 南方 Krivoi-Rog 1.44 57 6 南方 Krivoi-Rog 2.44 施密特Schmidt 8 南方 特斯切卡西Tscherkassy 3.44 40 8 南方 特斯切卡西Tscherkassy 4.44 7 8 南乌克兰 Kishinev 5.44 67 8 南乌克兰 乌曼Roman 6.44 预备队 8 南乌克兰 乌曼Roman 7.44 6 4 中央 Bialystok 8.44 - 11.44 4SS 9 中央 莫德林Modlin 12.44 4SS - 中央 莫德林Modlin 1.45 预备队 - 南方 匈牙利 2.45 - 3.45 4SS 6 南方 匈牙利 4.45 2SS 6 南方 维恩Wien 5.45 2SS 6 奥斯马克Ostmark 林茨Linz * 42年10月前已经有一部分部队移往法国南部。
名称变更：
第1,2,3 武装党卫队“骷髅”团 武装党卫队“骷髅”师 武装党卫队“骷髅”师战斗群 武装党卫队“骷髅”装甲掷弹兵师 第3武装党卫队“骷髅”装甲师
编制：
师部 武装党卫队第5“Thule”装甲掷弹兵团 武装党卫队第6“Theoder Eicke”装甲掷弹兵团 武装党卫队第2骷髅步兵团(1942年秋天解散) 武装党卫队第3装甲团 武装党卫队第3反坦克营 武装党卫队第3坦克歼击炮营 武装党卫队第3装甲炮兵团 武装党卫队第3高炮营 武装党卫队第3火箭炮营 武装党卫队第3装甲通信营 武装党卫队第3装甲侦察营 武装党卫队第3装甲工兵营 武装党卫队第3师后勤部队 武装党卫队第3战地救护队等 武装党卫队第3战地记者排 武装党卫队第3宪兵队 武装党卫队第3炊事营 武装党卫队Heimwehr-Danzig(??) “丹麦”外籍部队
历任指挥官：
武装党卫队上将 Theodor Eicke, 39年11月1日 - 41年7月7日 武装党卫队上将 Matthias Kleinheisterkamp, 41年7月7日 - 41年7月18日 武装党卫队上将 Georg Keppler, 41年7月18日 - 41年9月19日 武装党卫队上将 Theodor Eicke, 41年9月19日 - 43年2月26日 武装党卫队上将 Herman Priess, 43年2月26日 - 43年4月27日 武装党卫队中将 Heinz Lammerding, 43年4月27日 - 43年5月15日 武装党卫队中将 Max Simon, 43年5月15日 - 43年10月22日 武装党卫队上将 Herman Priess, 43年10月22日 - 44年6月21日 武装党卫队少将 Hellmuth Becker, 44年6月21日 - 45年5月8日
师部
武装党卫队第5“Thule”装甲掷弹兵团
武装党卫队第6“Theoder Eicke”装甲掷弹兵团
武装党卫队第2骷髅步兵团(1942年秋天解散)
武装党卫队第3装甲团
武装党卫队第3反坦克营
武装党卫队第3坦克歼击炮营
武装党卫队第3装甲炮兵团
武装党卫队第3高炮营
武装党卫队第3火箭炮营
武装党卫队第3装甲通信营
武装党卫队第3装甲侦察营
武装党卫队第3装甲工兵营
武装党卫队第3师后勤部队
武装党卫队第3战地救护队等
武装党卫队第3战地记者排
武装党卫队第3宪兵队
武装党卫队第3炊事营
武装党卫队Heimwehr-Danzig(??)
丹麦”外籍部队