吕梁市经济委员会设有多个下设机构，包括办公室、计财科、综合科、人事科、宣传教育科、经济运行科、经济合作科、投资规划科、技术创新科、资源综合利用科、电力科、能源科、交通科、产权管理科、企业改革科、考核统计科、监事会工作科以及离退休人员管理科。
办公室承担行政及后勤事务，负责文秘、档案管理、督查、会务接待等综合协调工作，以及机关安全、卫生等职责。
计财科负责财务管理和资产管理，包括预算、决算、专项经费等，确保机关正常运行。
综合科负责研究工业经济重大问题，起草重要文件，收集经济信息，对外宣传及新闻发布。
科级职数的设置确保了各部门的有效运作，如人事科负责干部人事管理、考核、出国审批等。
经济运行科负责经济运行监控、分析，解决重大问题，协调生产要素，指导企业扭亏增盈。
经济合作科负责工业园区管理，组织招商洽谈和对外经济技术合作。
投资规划科指导行业发展规划，监督投资项目，鼓励技术创新。
技术创新科推动企业技术创新，负责新产品试产和重大装备研制等。
资源综合利用科研究可持续发展策略，推进节能降耗和环保产业发展。
电力科负责电力行业规划和监督，协调电力资源平衡和市场秩序。
能源科负责能源基地建设，煤炭行业管理和煤炭经营秩序的整顿。
交通科协调交通和通信工作，负责口岸发展规划和综合管理。
产权管理科负责国有资产监管，包括产权界定、处置和产权纠纷处理。
企业改革科研究国有企业改革政策，指导现代企业制度建设。
考核统计科负责国有经济运行分析，国有资产保值增值考核，以及企业绩效评价。
监事会工作科负责监事会日常管理，监管企业的审计工作。
离退休人员管理科负责机关及直属单位离退休人员的管理工作。