南京大学哲学系与宗教学系的机构设置详尽如下：
党务部门由书记杨明教授和副书记张传平教授共同负责，他们领导着学院的重要决策和管理工作。
行政机构方面，系主任由资深教授徐小跃担任，他带领副系主任张建军教授、唐正东教授和姜迎春副教授，共同管理日常教学事务。张传平教授还担任主任助理，积极参与系部事务。
工会主席由肖玲教授担任，她负责维护教职员工的权益和组织各类活动。办公室主任是景雅玲，负责日常行政管理工作。本科和研究生教学管理由石方红和王玲分别负责，人事秘书由吴雨芳处理相关事务。
资料室由曹立群和季林负责资料的收集与保管，网络管理则由周艳担任，确保学院的网络环境稳定。教工党支部设有三个支部，第一支部书记沈晓珊、第二支部书记王恒和第三支部书记吴雨芳分别负责各支部的党务工作。
共青团团委由阚金玲担任主席团委书记，学生党支部设有本科生支部书记阚金玲、硕士生支部书记范赟和博士生支部书记王克喜教授，他们分别负责学生的党务工作和成长引导。
在学术方面，系学术委员会主任由徐小跃教授担任，而学位委员会主席则是张一兵教授，副主席张建军教授为委员会的重要成员，共同推动学术研究和发展。
南京大学哲学系的前身是中央大学哲学系，创立于1920年。1952年院系调整时撤销系建制，1960年恢复设立政治系哲学专业，1977年恢复哲学系，2000年在哲学系编制内设立宗教学系。本系另一源头为金陵大学哲学系。