明初用元制设行省，洪武九年改称承宣布政使司，称“行省”，每布政司（省）有左右布政使各一人（贵州只设左布政使），属官有左右参议政、左右参议等官。布政使掌一省的政务。宣德时，定全国为十三布政使。
每省设提刑按察使司，掌全省刑名按劾之事，相当于现在的政法委书记。按察使司设按察使一人，属官有副使、佥事等官。
布政、按察二司为一省的最高行政、司法机构，合称“二司”。在明初权势极重。明代中叶以后，逐渐因事派都御史出任总督或巡抚，总领一方军政，逐渐成为地方实际首脑，权力凌驾于两司之上，总督或巡抚衙门成为实际上的省级权力机构。
明代各省在两司与府之间设“道”，道有两类：于布政使司内置参政、参议，各分司诸道，称为分守道；按察使司置副使、佥事，分司诸道，称“分巡道”；还在一些地方设有整饬兵备道、清军道、驿传道。根据情况不同还设有协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道、提学道、招练道、巡海道、抚民道、监军道等。道的设置，在明代较为复杂。其职能相当于现在的各省的厅，为专门机构。
明代于道下设府，府有知府一人，属官有同知、通判等。知府掌一府的政务，同知是知府的副手，通判分掌粮运及农田水利之事。府分上、中、下三等，税粮额在20万石以上的为上府，10-20万石的为中府，10万石以下的为下府。
府下设州，州有二种：一为直隶州，地位相当于府而低于府，直属于省；一为散州（即属州），隶属于府，地位与县相当。各州长官为知州，属官有同知、判官等官。
府、州下设县，各县长官为知县，属官有县丞、主簿、典史等。还设有教谕、训导等官，掌管一县教育。县也分上、中、下三等。
县以下的区划都属于自治系统，不是国家的行政机构了。
各省具体为：
布政使司：
布政使，一人，从二品；左、右参政，各一人，从三品；左、右参议，初各一人，后无定员，从四品。
司下属机构有：
经历所：掌衙门的内部事务——经历一人，从六品；都事一人，从七品。
照磨所：主管文书、卷宗——照磨一人，从八品；检校一人正九品。
理问所：掌刑名案件——理问一人，从六品；副理问一人，从七品；提控案牍一人，未入流。
司狱司：管理囚犯的机构——司狱一人，从九品。
库大使一人，从九品；副使一人，未入流。
仓大使一人，从九品；副使一人，未入流。
杂造局（负责工艺制造）、军器局（负责兵器制造）、宝泉局（负责铸币）、织染局（掌管织染绸缎事务），各大使一人，从九品；副使一人，未入流。
按察使司：按察使，正三品；副使，二人，正四品；佥事，无定员，正五品。司下属机构有：
经历司——经历一人，正七品；知事一人，正八品。
照磨所——照磨一人，正九品；检校一人，从九品。
司狱司——司狱一人，从九品。
府：
知府，一人，正四品；同知，一人，正五品；通判，一人，正六品，推官，一人，正七品。下属机构有：
经历所——经历，一人，品。
照磨所照磨，一人，正八品。
司狱司司狱，一人，从九品。
直隶州：
知州，一人，从五品；同知，一人，从六品，后裁革；判官，一人，从七品；吏目一人，从九品。
散州：
知州，一人，品。
县：
知县，一人，正七品；县丞，一人，正八品；主簿，一人，正九品；典史，一人，未入流，掌文书收发，如果是编户不到二十里的县，是不设县丞、主簿的，由典史承担县丞、主簿的责任。
另外，各府、州、县多设有巡检司、驿站、税课司等业务部门。
巡检司：主管缉捕盗贼，盘诘奸伪，维护地方治安。
巡检，正九品；副巡检，从九品。
驿站：主管邮传、迎送之事，相当于现在的邮政局兼政府招待所。
驿丞，未入流。
税课司：当然就是收税的了。
大使，从九品；副使，未入流。
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