1 古希腊自然哲学的特点
古希腊自然哲学包容哲学和早期各门自然科学,那时哲学和自然科学还没有“分家”,没有单独分立的学科,后人为了研究方便把有关世界本原论以及对于运动一般规律的认识提列出来归到哲学里,形成自然哲学独特的认知领域。无论是关于物质构成的恩培多克勒的“四根说”还是阿拉克萨哥那的“种子说”以及德莫克里特的“原子论”学说，都把对世界本原的认识后来转移到对物质结构的认识层面上。后期的“原子论”的思想已经接近近代化学原子论的基本思想,近代化学原子论的创立者道尔顿承认他的原子论得益于德莫克里特的“原子论”思想,大科学家牛顿也认为古代“原子论”对它的科学研究影响很大。这是因为从整体论到单元个体论，不仅仅是认识层次的变化,同时也是认识方法的变化。如果说整体论采用的是综合法,那么“原子论”用的就是分析法。而近代科学总体采用的研究方法就是分析法或分解法。比如研究对象从单个物质进入到单个分子,从单个分子又进入到单个原子,从单个原子又进入到原子核,从原子核又到基本粒子(质子、中子、电子),现在人们已经认识到夸克层子水平上了。认识层次的逐渐分化是近代科学的一大特点,而这个思想最初来源于古希腊的原子论,没有原子论也就没有今天的各种学科。
2 古希腊人喜爱几何，注重数学推理和证明．许多哲学家同时也是大数学家，他们崇拜数学，尤以柏拉图为最．他曾在他创办的“柏拉图学院” 门口写有“不懂数学者不准入内”的牌子．到了后期，欧几里德将所有几何命题通过一组公设推导出来。他的《几何原本》把古希腊数学推向理论最高峰，开创了公理化方法的先河，使数学理论首先达到体系化，这在当时是绝无仅有的．
3 古希腊学者亚里士多德的《工具论》论述了形式逻辑的推理方法，其中欧几里德的《几何原本》是系统化运用逻辑推理的范例，《工具论》为后来的科学研究奠定了方法论基础。虽然我国战国时期杂家代表作《吕氏春秋》中也采用了多种形式的逻辑推理，如二难推理、类比推理、假言推理或它们的组合，但都仅限于社会学说领域，自然科学中没有看到使用逻辑推理，而且即使士大夫高谈阔论中运用了逻辑推理，也难以保证逻辑推理就成为科学研究的普遍工具。史实是在中国古代的数学等自然科学中，找不到用逻辑推理形成公理化体系的著作。而近代科学诞生的标志是以科学实验与数学证明的结合为特征，这似乎与社会学说运用逻辑方法关系不大。把逻辑推理上升到理论层面上进行系统总结，这只有在古希腊科学中才能看到
4亚里士多德的《物理学》是世界上最早的物理学专著，它使物理学成为一门学科而建立起来。阿基米德的贡献不仅在于他取得了不少研究成果,而且在于他总结了一套科学研究物理学的方法。他既重视观察和实验,又重视严格的逻辑推理；既分析物理现象,又注意用数学方法论证,在他那里体现了实验方法和数学方法的完美结合。而近代自然科学的突出特征就是实验方法结合数学理论。由此可见,从阿基米德时期就已经有了近代自然科学研究的端倪。
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