特殊病种在一个医保年度内，特殊病种门诊免报额度为400元，符合规定治疗范围报销比例与普通住院相同。每个地方标准不一。报销比例：在门诊“特殊病种”费用视同住院按住院比例报销并且可以与普通住院的费用累积起付线。规定参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。特殊病种门诊一级医院起付线为400元/次、二级医院为640元/次、三级医院为880元/次;一级社区卫生服务机构的起付标准为200元/次，二级社区卫生服务机构的起付标准为440元/次。 2、报销比例在起付标准以上、支付限额以下的，由统筹基金支付的比例是：癌症病人晚期的放化疗和镇痛治疗，肾功能衰竭的透析治疗，器官移植后的抗排异治疗按90%支付;其他特殊病种按80%支付。
特殊门诊疾病的报销限额是对基本医疗保险统筹基金支付部分进行限额，并不是对参保人员个人实际产生的门诊特殊疾病医疗费用总额进行限额。限额是对医院一段时间内提交的属于统筹基金支付的一批次费用进行限额结算的一种付费方式，而不是对参保人员个人，医院不得限制参保人员合理治疗。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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