1、在实际工作当中，作为预付款方，一般按照协议约定的预付金额先行支付，财务方面按照实际付款金额填制会计凭证；
2、如题所述，如实际预付金额大于协议约定的金额，那么，可于记账凭证摘要中注明该差异金额（便于日后查账），根据原始单据如常进行账务处理则可；
3、一般情况下，在约定业务完结前按协议结算（清算）尾款时，财务方面应审核该业务的应付、预付和待结尾款等相关事项，确保业务开展畅顺和完整；
4、提问者应予留意，财务进行账务处理普遍处于业务运营的事后环节，对于款项支付等事中环节业务应及时跟进（审核监督），因而，上述在记账凭证中进行注明说明的方式并不利于及时监控业务开展（所涉财务事项），所以，如题所指情形更有效的对应措施是：完善付款审核机制，要求业务部门在预付款的申请单据上备注协议名称和编号、约定结算全额和未付金额等相关信息（对于采取分期付款结算方式的，在每次付款申请时均应注明已预付金额和未付金额），由财务方面审核确认；
5、以上仅供参考，请予结合实际情况再做判断。