还房贷的银行卡被法院冻结了，可以去银行柜台办理现金还款。银行卡若是因为经济问题被法院冻结，必须先解决问题才能解冻，至于银行卡冻结原因不同，处理方法也是不太一样的，如果是临时被冻结，可以正常使用，如扣房贷等已经签订扣款合同的款项，还是可以正常扣款的，如果是被法院冻结，签过合同的扣款也不能扣了，当然也不应该再往里面打钱。
如果只是冻结了扣房款的银行卡，当事人可以变更扣款的银行卡，然后将钱打到变更的银行卡就行，如果所有银行卡冻结的，还款就会比较麻烦。
【法律依据】：
《最高人民法中闭院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》
第三十条
查封、扣押、冻结期限届满，人民法院未办理延期手续的，查封、扣押、冻结的效力消灭。 查封、扣押、冻结的财产已经被执行拍卖、变卖或者抵债塌让的，查封、扣押、冻结的效力消灭。
第三十一条
有下列情形之一的，人民法院应当作出解除查封、扣押、冻结裁定，并送达申请执行人、被执行人或者案外人：
(一)查封、卖衫裂扣押、冻结案外人财产的；
(二)申请执行人撤回执行申请或者放弃债权的；
(三)查封、扣押、冻结的财产流拍或者变卖不成，申请执行人和其他执行债权人又不同意接受抵债的；
(四)债务已经清偿的；
(五)被执行人提供担保且申请执行人同意解除查封、扣押、冻结的；
(六)人民法院认为应当解除查封、扣押、冻结的其他情形。 解除以登记方式实施的查封、扣押、冻结的，应当向登记机关发出协助执行通知书。