清理红米Note 9 Pro的存储空间系统固件需要进行一些谨慎的操作，如果不小心误操作可能会导致设备出现故障，因此请务必备份重要数据后再进行以下操作：
清理缓存：进入“设置”>“存储空间”>“其他应用数据”，选择“系统应用”，找到“下载管理”、“垃圾清理”等应用，依次点击进入并清理缓存。
清理无用的系统应用：进入“设置”>“应用管理”，选择“系统应用”，找到不常用的应用，点击进入，选择“卸载”，清理无用的系统应用。
清理垃圾文件：可以使用一些第三方的清理软件，如“360清理大师”、“腾讯电脑管家”等，进入软件后点击“清理”按钮进行清理垃圾文件。
请注意，清理系统固件可能会对设备造成不可逆的影响，请在清理之前仔细考虑清理的必要性，并备份好重要数据。