区别在于：意义不同、设立目的不同、成立模式不同。
1、意义不同：全面战略伙伴关系为国家对战争全局的统筹规划与全面指导，依据国际、国内形势和敌对双方政治、经济、军事、科学技术、地理等因素确定的；全面战略合作关系通过合资合作或其他方式，为了能够给企业带来资金资源、先进技术、管理经验。
2、设立目的不同：为了促进各自多方面发展，国家往往根据自身利益和在国际体系中的位置与其他国家结成战略伙伴关系；全面战略合作关系提升企业技术进步的核心竞争力和拓展国内外市场的能力，推动企业技术进步和产业升级的国内外先进企业之间的合作。
3、成立模式不同：全面战略伙伴关系对战争的发生、发展及其特点、规律的分析与判断，战略方针、任务、方向和作战形式的确定，武装力量的建设和使用，武器装备和军需物资的生产；全面战略合作关系既有政治关系又有经济关系的战略合作在政治上进一步深化友好关系，还在经济贸易方面加强合作，寻求互利双赢。
参考资料来源：百度百科-战略合作伙伴
参考资料来源：百度百科-全面战略伙伴关系
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