尽管巴利语不能被认为是古典梵语或更早的吠陀梵语的直接后代，这些语言明显有非常密切关联，并且巴利语和梵语的共同特征总是很容易被熟悉二者的印度人识别出来。实际上，大部分的巴利语和梵语的词干都是在形式上同一的，只在词尾变化的细节上有所区别。
这种联系是如此充分的众所周知，以至于来自梵语的技术术语可以通过一组常规的音韵变换轻易的转换成巴利语。这种变换模拟出了曾在原巴利语中发生的音韵发展的子集。由于这些变换的流行，不总能得知给定的巴利词是古俗语词汇的一部分，还是从梵语借来的变换后的词。梵语词有规律的对应于巴利词的存在性不总是巴利词源的可靠证据，因为在某些情况下，通过反向构词可以从俗语词创造出假造的梵语词。
下列音位学处理不意图作为对从古印度祖先语言产生巴利语的历史变化的详尽描述，而是在梵语和巴利语之间最常见的音韵等式的总结，并且不声称其完备性。 音素变更 梵语的咝擦音ś,ṣ和s合并到一起为巴利语的s 例如:śaraṇa→saraṇa,doṣa→dosa 梵语的塞音ḍ和ḍh在元音之间成为ḷ和ḷh（同于吠陀梵语） 例如:cakravāḍa→cakkavāḷa,virūḍha→virūḷha 同化一般规则 很多从一个辅音到临近辅音的同化出现在巴利语的发展中，产生了大量的长（双）辅音。因为长辅音的送气只在这个簇的最后辅音上是可识别的，长辅音kh, gh, ch, jh, ṭh, ḍh, th, dh, ph, bh出现为kkh, ggh, cch, jjh, ṭṭh, ḍḍh, tth, ddh, pph, bbh，而非khkh, ghgh等。 在同化会在词首生成长辅音（或不送气塞音+送气塞音的序列）的时候，词首长辅音要简化为一个单一辅音。 例如:prāṇa→pāṇa（非ppāṇa）,sthavira→thera（非tthera）,dhyāna→jhāna（非jjhāna）,jñāti→ñāti（非ññāti） 在同化会在词中间生成三辅音序列的时候，长辅音要简化直到在序列中只有两个辅音。 例如:uttrāsa→uttāsa（非utttāsa）,mantra→manta（非mantta）,indra→inda（非indda）,vandhya→vañjha（非vañjjha） 从同化得出的序列vv要变更为bb 例如:sarva→savva→sabba,pravrajati→pavvajati→pabbajati,divya→divva→dibba 整体同化
整体同化就是一个音素变为同一于临近音素，它有两种类型: 随后同化是被同化的音素同一于随后的音素；而跟前同化是被同化的音素同一于前面的音素。
随后同化 内部的visarga同化为随后的清塞音或咝擦音 例如:duḥkṛta→dukkata,duḥkha→dukkha,duḥprajña→duppañña,niḥkrodha（=niṣkrodha） →nikkodha,niḥpakva（=niṣpakva） →nippakka,niḥśoka→nissoka,niḥsattva→nissatta 两个不类似的梵语塞音的序列中，第一个塞音同化为第二个塞音 例如:vimukti→vimutti,dugdha→duddha,utpāda→uppāda,pudgala→puggala,udghoṣa→ugghosa,adbhuta→abbhuta,śabda→sadda 在两个不类似鼻音的序列中，第一个鼻音同化为第二个鼻音 例如:unmatta→ummatta,pradyumna→pajjunna j同化为随后的ñ（就是jñ成为ññ） 例如:prajñā→paññā,jñāti→ñāti 梵语的流音r和l同化为随后的塞音、鼻音、咝擦音或v 例如:mārga→magga,karma→kamma,varṣa→vassa,kalpa→kappa,sarva→savva→sabba r同化为随后的l 例如:durlabha→dullabha,nirlopa→nillopa d有时同化为随后的v, 生成vv→bb 例如:udvigna→uvvigga→ubbigga,dvādaśa→bārasa（比较于dvādasa） t和d在出现于词素边界上的时候，可以同化为随后的s或y 例如:ut+sava→ussava,ud+yāna→uyyāna 跟前同化 鼻音有时同化为前面的塞音（在其他插音出现的情况请参见后面） 例如:agni→aggi,ātman→atta,prāpnoti→pappoti,śaknoti→sakkoti m同化为词首咝擦音 例如:smarati→sarati,smṛti→sati 鼻音同化为前面的塞音+咝擦音簇，它接着有如没有跟随鼻音那样发展（参见后面的部分同化） 例如:tīkṣṇa→tikṣa→tikkha,lakṣmī→lakṣī→lakkhī 梵语的流音r和l同化为前面的塞音、鼻音、咝擦音或v 例如:prāṇa→pāṇa,grāma→gāma,śrāvaka→sāvaka,agra→agga,indra→inda,pravrajati→pavvajati→pabbajati,aśru→assu y同化为前面的非齿/卷舌塞音或鼻音 例如:cyavati→cavati,jyotiṣ→joti,rājya→rajja,matsya→macchya→maccha,lapsyate→lacchyate→lacchati,abhyāgata→abbhāgata,ākhyāti→akkhāti,saṃkhyā→saṅkhā（saṅkhyā也同样）,ramya→ramma y同化为前面的非词首v，生成vv→bb 例如:divya→divva→dibba,veditavya→veditavva→veditabba,bhāvya→bhavva→bhabba y和v同化为任何前面的塞擦音，生成ss 例如:paśyati→passati,śyena→sena,aśva→assa,īśvara→issara,kariṣyati→karissati,tasya→tassa,svāmin→sāmī v有时同化为前面的塞音 例如:pakva→pakka,catvāri→cattāri,sattva→satta,dhvaja→dhaja 部分和相互同化 梵语的在塞音前的咝擦音同化为这个塞音，并且如果这个塞音不是送气的，则变为送气的；就是说śc, st, ṣṭ和sp变为cch, tth, ṭṭh和pph 例如:paścāt→pacchā,asti→atthi,stava→thava,śreṣṭha→seṭṭha,aṣṭa→aṭṭha,sparśa→phassa 在咝擦音-塞音-流音序列中，流音同化为前面的辅音，并且这个簇表现得如同咝擦音-塞音序列，就是说str和ṣṭr变为tth和ṭṭh 例如:śāstra→śasta→sattha,rāṣṭra→raṣṭa→raṭṭha t和p在s之前成为c，并且这个咝擦音同化为前面的音素并送气 （就是说序列ts和ps成为cch） 例如:vatsa→vaccha,apsaras→accharā 咝擦音同化为前面的k并送气（就是说序列kṣ变为kkh） 例如:bhikṣu→bhikkhu,kṣānti→khanti 跟随着y的任何齿或卷舌塞音或鼻音都转换成相应的硬腭音，并且y同化为这个新辅音，就是说ty, thy, dy, dhy, ny成为cc, cch, jj, jjh, ññ；类似的ṇy变为ññ。在塞音前的鼻音变成共享这种变化的硬腭音。 例如:tyajati→cyajati→cajati,satya→sacya→sacca,mithyā→michyā→micchā,vidyā→vijyā→vijjā,madhya→majhya→majjha,anya→añya→añña,puṇya→puñya→puñña,vandhya→vañjhya→vañjjha→vañjha 序列mr变为mb，通过在鼻音和流音之间插入一个塞音，随后把这个流音同化为这个塞音，并且最后简化结果的长辅音。 例如:āmra→ambra→amba,tāmra→tamba 插音
有时在特定辅音序列中插入插音元音。如对ṛ，可以插入a,i或u，依赖于邻接辅音或在随后音节中元音的影响。i经常出现在i,y或硬腭音附近；u经常出现在u,v或唇音附近。 塞音+鼻音序列有时用a或u分离 例如:ratna→ratana,padma→paduma（u受唇音m的影响） 序列sn在词首可以变为sin 例如:snāna→sināna,sneha→sineha i可以插入在辅音和l之间 例如:kleśa→kilesa,glāna→gilāna,mlāyati→milāyati,ślāghati→silāghati 在词首咝擦音和r之间可以插入插音元音 例如:śrī→sirī 序列ry一般变为riy（i受随后的y的影响），但出于元音缩短的目的仍被当作双辅音序列 例如:ārya→arya→ariya,sūrya→surya→suriya,vīrya→virya→viriya a或i插入r和h之间 例如:arhati→arahati,garhā→garahā,barhiṣ→barihisa 在其他的辅音序列中有零星的插音 例如:caitya→cetiya（非cecca）,vajra→vajira（非vajja） 其他变更 梵语的任何在鼻音前的咝擦音都变为跟随着h的鼻音序列，就是说ṣṇ, sn和sm成为ṇh, nh和mh 例如:tṛṣṇa→taṇha,uṣṇīṣa→uṇhīsa,asmi→amhi 序列śn成为ñh，由于n同化为前面的硬腭咝擦音 例如:praśna→praśña→pañha 序列hy和hv经历对调 例如:jihvā→jivhā,gṛhya→gayha,guhya→guyha h经历与随后的鼻音的对调 例如:gṛhṇāti→gaṇhāti y在e和元音之间成为长辅音 例如:śreyas→seyya,Maitreya→Metteyya 浊送气音比如bh和gh罕见的偶尔变为h 例如:bhavati→hoti,-ebhiṣ→-ehi,laghu→lahu 齿音和卷舌音零星的变为对方 例如:jñāna→ñāṇa（非ñāna）,dahati→ḍahati（比较于Pālidahati）nīḍa→nīla（非nīḷa）,sthāna→ṭhāna（非thāna）,duḥkṛta→dukkaṭa（比较于Pālidukkata） 有对上述规则的一些显著的例外；其中很多是常用的俗语词而不是从梵语中借用来的。 ārya→ayya（比较于ariya） guru→garu（adj.） （比较于guru（n.）） puruṣa→purisa（非purusa） vṛkṣa→rukṣa→rukkha（非vakkha）
