咸宁四年（公元278年），马隆上言说凉州刺史杨欣失去了与羌人的和好状态，必定会失败。后杨欣果然被鲜卑秃发部首领秃发树机能的支党若罗拔能于武威击败并杀害。因为杨欣的失败，河西地区与西晋就道路断绝，而且令西晋有西顾之忧，无法专心对付东吴。司马炎因而在朝会上感慨地说：“谁人能够为我讨平这些叛胡，开通凉州？”当时其他官员都不能应对，马隆则自荐能够讨伐，并要求招募三千勇士与他西进；司马炎于是命马隆为讨虏护军，武威太守。此时有官员反对，说司马炎应以国家既有军队讨伐，不应另行赏募，乱了常规，但司马炎不听。
马隆后就选拔勇士，合格的人要能拉起三十六钧（约238公斤）的弩和四钧（约26公斤）的弓。到中午时选得三千五百人，马隆即要到武具库选杖，但武库令与马隆有积怨，只以一些已腐朽的杖给马隆，马隆不满而遭御史中丞弹劾，马隆力争后，司马炎下令依从马隆的意思，又给马隆三年的军需品。 马隆于次年正月出发西行，渡过武威以东的温水。秃发树机能率骑兵万人或者据险抵御，或者设伏截断晋军后路。马隆见山路狭窄，于是依八阵图制作了偏箱车，到广阔地方就列成鹿角车营，到狭窄地方就设木屋放在车上，一边战斗一边前进，沿途箭无虚发，敌人纷纷应弦而倒；另又在道路两边放置大量磁石，因为对方穿着铁制铠甲，会被磁石吸引，故此受制于磁石阵；但马隆部众却穿犀甲，经过磁石时无任何影响，于是能够有效打击对手。行军千余里后，秃发树机能部队伤亡惨重。
自马隆西行凉州以后，朝廷都没有他的音讯，有人以为他已经战死，而马隆在大败秃发树机能后派使者报告，司马炎极为高兴，加命马隆为假节、宣武将军。马隆到武威后，鲜卑大人猝跋韩、且万能等万余落归降西晋。不久更率领友方的没骨能等与秃发树机能决战，最终斩杀秃发树机能，平定凉州。 太康初年，朝廷又命马隆为平虏护军、西平太守，率领手下精兵，又给予一支牙门军，到因战乱而荒废的西平郡驻屯，以大军稳定并重建当地。当时南虏成奚经常侵扰边境，马隆率兵讨伐，成奚于是据险而守。马隆见此，令士兵都带着农耕工具，好像要耕作田地般，成奚以为马隆没有进一步征伐的意思，于是稍为松懈，马隆则看准这个时机，攻其不备，击破成奚部众。而马隆治理当地期间，成奚都没有再侵扰当地。
太熙元年（290年），马隆因功封奉高县侯，加授东羌校尉。马隆在陇右地区驻守了十多年，已经在当地建立了一定的威信，当地大致稳定。此时略阳太守严舒恃著与外戚杨骏通婚，图谋取得马隆西平太守的职位，于是谤毁马隆年老昏惑，不再适合在当地镇守。朝廷于是征还马隆，严舒得以接任。但严舒接任后，当地氐族和羌族人又开始大举集结，当地的人民都十分畏惧，而朝廷又怕当地胡人再次叛变，于是罢免严舒，再次派马隆任原职。马隆最终亦在任内逝世。
马隆著有《风后握奇经》一卷，其述多有发明，并写有阵图于后。
