血源管理科
血源管理科成立于1980年，是血液中心成立最早的科室之一。科室下设的职能部门有宣传组和献血服务组。
宣传组主要承担着全市的单位团体献血组织招募工作；无偿献血宣传、相关的新闻报道和市献血办公室的日常管理工作及采供血应急预案的组织和实施；宣传组还兼管全中心的健康教育工作。
献血服务组主要负责各审批点的日常管理；对用血者的审批、献血者及亲属用血后的偿还服务；献血者信息更改、补发《无偿献血证》的接待和办理工作；负责Rh（D）阴性献血者的队伍的管理；协助南京市红十字会无偿献血志愿工作者服务队的招募工作；负责进行定时、定点、定量的市区内各采血点无偿献血后的电话回访；负责团体无偿献血时的引导和巡视工作。
血源管理科工作时间是：每周一～周五8：30～16：30
体检采血科
南京红十字血液中心体检采血科的工作任务是负责献血者全血采集的工作，包括献血者的咨询、筛选、信息录入、血液及血液标本的采集等。负责此项工作的均是有正规资质的卫生技术人员。
机采科
南京红十字血液中心机采科是血液中心的重要业务科室。科室主要负责无偿成分血小板的采集，年采集量达到9000多个治疗量，有效地保障了南京市属医疗单位临床病人充足、安全、及时的新鲜血小板供应。另外科室还结合临床科研，开展采集、冻存干细胞，特种血液成分采集、治疗性单采等业务。成为一个集采供血、科研、教学于一体的全省乃至全国一流科室。
机采科人员配备完善，并拥有多台世界一流先进设备：具有高级职称一名，硕士研究生二名。科室工作人员曾先后多次在省市及单位技术比武中获奖。使用单采机包括有汾沃公司Amicus 9台，Trima 2台，MCS+1台，日采集血小板可达八十至九十个治疗量。科室具有三项国家发明专利，在国内著名期刊发表论文四十多篇，承担并完成三项南京市科技发展基金项目。
机采科科室设置在血液中心二楼，工作间布置整洁规范、宽敞明亮、室内空气流通、窗外视野开阔，休息间内献血者及陪同人员还可享用丰富多样的食品和饮料。
成分科
南京红十字血液中心成份输血科1990年成立，由当初分离单一血浆为主发展到如今能向临床供应十多个血液成份制品。制备的品种和数量逐年增加，临床血液成分的应用超过99%，进入全国输血先进行例。同时成分科还发挥自身优势配合南京各级医院开展成分输血的临床应用，治疗各种血液病和自身免疫疾病。成份科在抓产品质量和数量的同时，十分关科研发展，建科以来有3个科研项目获得全国第一。（1）第一个在国内开展用新技术制备浓缩血小板，使血小板回收率平均增加15%，血小板产品纯度高，输用前不需要交叉配血，省去了临用血小板前许多复杂实验。该项新技术受到中科院院士阮长耿推荐，获得江苏省科技进步四等奖、南京市抖科技进步三等奖，全国有十几个血站派员来进修交流；（2）在国内首先引进新一代红细胞保存液，使红细胞的保存期从21天延长到35天，节约了宝贵的血液资源。该保存液研制者邹元国荣获1993年度南京市有突出贡'献的科技功臣，市政府奖励十万元；（3）在全国第一个研制出白细胞过滤器，并成功的把该项技术作为商品转让给生产企业。该项技术已经被南京市政府确定为高新技术成功转化成产业，技术发明人邹元国获得全国五一劳动奖章，获得全国劳动模范。现阶段供应的血液制品有：1红细胞悬液；2新鲜冰冻血浆；3病毒灭活血浆；4冷沉淀物；5洗涤红细胞；6洗涤解冻长期保存的稀有红细胞所谓熊猫血等。
计划供血科
该科室全年执行24小时工作制。具体负责：制定血液需求计划；采供血应急方案的启动；对血液质量投诉和输血不良反应的投诉和受理反馈；与临床用血医院的业务沟通。
检验科
南京红十字血液中心实验室始建于1968年，受南京红十字血液中心法人授权并从事临床医疗采供血的血液检测业务工作，是具有公正地位、法定的血液检测机构。实验室现有在职人员14名，其中有13名毕业于医学检验专业，14人中包括：研究生3名、本科学历3名、大专学历3名、中专学历4名、医疗技术工人1名（负责献血员资料装订），完全有能力胜任实验室血液检测的各项工作。实验室现有房屋实使用面积680平方米，拥有世界先进水平的样品处理机3台、大型全自动酶免系统2套、酶标仪2台、洗板机4台，全自动生化分析仪2台、全自动核酸检测仪2台，全自动血型检测仪2台，试剂贮藏冰箱7台、超低温冰箱2台、普通离心机4台、温控高速离心机1台、双回路高压配电、UPS 2台及标准PCR实验室等设施。实验室全部业务工作实行计算机网络化管理，确保了检测的高效准确进行以及检测原始数据的安全和可追溯性。
本科室主要负责血液标本的检测工作。根据国家有关规定对所有血液和血液制品用酶联免疫的方法进行两次筛查。筛查项目包括：乙肝表面抗原（HBsAg）、人类免疫缺陷病毒抗体（Anti-HIV）、丙型肝炎病毒抗体（Anti-HCV）、梅毒螺旋体抗体(Anti-TP)、谷丙转氨酶（ALT）、ABO和RH D血型，同时对部分样本进行HBV，HCV，HIV病毒检测。
本实验室自从1997年至今每年参加卫生部室间质量管理评价的结果都为优秀，经国家卫生部和省五周期检测结果均取得良好成绩，受到同行业专家的好评。2010年7月，本实验室顺利通过了中国合格评定国家认可委员会（CNAS）的认可。
研究室
研究室主要开展血液免疫学和免疫遗传学（亲子鉴定）两个方面的相关研究。在血液免疫学方向上常规开展的工作主要有：红细胞疑难血型鉴定、红细胞疑难配血、血小板抗体筛查与鉴定、血小板交叉配血、新生儿溶血病预诊与实验诊断、个体化输血方案设计和临床输血指导工作等；在免疫遗传方向上常规开展司法亲子鉴定、人类白细胞抗原分型、组织与器官配型、免疫相关基因与疾病易感性等工作。
财务科
财务科的主要工作：参与中心发展、规划、投资和经营决策；负责中心年度财务预算相关工作，监督预算执行和完成情况；负责中心财务核算相关工作，准确报送各类报表，做好财务决算和财务分析；负责中心物价、收费管理工作；负责中心固定资产、材料物资以及资金等国家财产的安全，定期进行监督和检查。
办公室
1、代表领导处理全局性的问题，是指挥、控制整个单位工作的中心部门，确保中心各项工作有序开展；
2、党务工作，中心无偿献血宣传工作；
3、制订中心发展规划，负责血站文件、工作计划、年度总结、年鉴、站志等材料的撰写，血站发文的核稿工作，保证公文处理规范化，中心对外新闻发布、新闻稿件的拟写；
4、负责中心的会务组织安排、接待工作，并做好会议记录、纪要。对于会议做出的决定,负责督办；
5、中心网站的信息发布、内容更新、后台维护等；为中心采供血信息系统、计算机网络的正常运转提供技术支持服务；
6、中心的印章、文印、保密、议案、提案、综合信息、接待、协调、值班安排工作；
7、中心综合档案室的管理工作，按期收集、整理、立卷、归档工作，保证中心档案的完整性和利用率；
8、负责中心的社会治安综合治理、平安创建、消防安全等工作；
9、负责中心基本建设的考察、立项等具体工作。
质量管理科
质量管理科是血液中心重要的质量监管和血液安全研究科室。科室职能包括质量控制与质量管理，承担着血液中心采供血过程的监督、考评以及原辅材料、设备设施、血液产品的质量抽检、监测工作。同时还负责血染安全、经血感染性病毒的研究工作。科室质量管理人员4名，其中副高级以上职称人员1名，博士研究生1名，硕士研究生1名；分设酶免、理化和细菌实验室；配备全自动生化仪1台、五分类血球计数仪1台，各种检测设备数十台套。血液安全研究现有工作人员3名，配置细胞培养间一套，生物安全柜2台，高速离心机器2台，梯度PCR仪式2台，实时荧光定量PCR仪1台，小型移液工作站1台，多功能酶标仪1台，细胞培养箱2台。
为了加强采供血机构科学化、规范化管理，2007年血液中心依据“一法两规”，建立了中心的质量体系，体系文体已升级为2009/2版，作为血液中心的质量管理核心科室，工作中坚持定期深入一线，及时发现和解决质量问题，提出持续改进意见。
自身建设方面，质管科严格按照国家相关规定，建立了质控实验室的各项检测操作规程。全部检测过程遵循《全血成分血质量要求》、《中国输血技术规程》相关指标和规程，对中心所有的关键性设备，业务场所环境进行有效的监控，对血液中心采供血业务涉及的所有一次性采血袋、检测试剂等耗材样本进行进货检测，确保所有耗材试剂符合国家要求，为保证血液质量把好第一关，按国家规定对血液成品等进行抽检，确保血液产品的质量，定期对血液产品进行分阶段检测，过程中严格技术要求，确保各类血液组分的生理特性、标识容量、生化指数、无菌指标等均符合《全血成分血质量要求》要求。
2009年为适应新的发展需求，中心以质管科为依托展开了血液安全为主的研究工作，主要包括：乙型肝炎病毒流行病学研究、献血HCV感染的免疫应答及基因序列多样性研究、单克隆抗体的研究平台的建设等工作。先后承担相关研究课题2项，重大研究项目一项。
总务科
中心总务科现有职工17人，是中心后勤保障科室，分为库房，设备维护，消毒供应，废弃物处理，驾驶班五个部门。主要承担中心采供血工作所需仪器设备、耗材、试剂及辅助材料的采购、保管、发放等管理工作；负责组织评价合格供应商，建立合格供应商名单并对其实施动态管理；承担中心固定资产、基础设施、监控和测量仪器设备装置的维保等管理工作；承担中心所有采供血工作所需器械、辅料的消毒和供应工作；负责中心医疗废物的收集与处理；承担中心无偿献血车、送血车、公务车等的车辆保障工作。负责各个采血点和采血屋的物资配送、血液的往返安全运输。
