清朝的总督、巡抚并不是一直不变的，尤其是在清初，其设置经常会发生变动。同时，总督和巡抚的品级也略有变动。形成定制之后的情况大致是：总督为正二品官员，加兵部尚书、右都御使衔则为从一品。巡抚为从二品官员，加兵部侍郎衔则为正二品。单从品级而言，总督是略高于巡抚的。
当然，晚清出现了不少由大学士兼任的总督，如左宗棠就曾经以东阁大学士的身份总督两江，这时候的总督就是正一品了。但是，这类特例仅仅是针对担任总督的这个人而言的，并不是总督这个职位本身。晚清时期，巡抚也同样有加太子太保之类加衔的情况，如处决安德海的丁宝桢就曾经以山东巡抚的身份加太子太保衔，而清朝的太子太保是从一品。因此，这时候丁宝桢这个巡抚就是从一品的巡抚。但是，他和左宗棠一样，都属于特例。无论怎么说吧，在同等情况下，总督的品级还是要略高于巡抚的。而且，总督是可以兼任巡抚的，而巡抚改任总督则属于升迁，兼任也是以新升迁的总督身份兼任原有的巡抚，这一点也从另一个侧面反映了总督和巡抚的级别高低。
清朝总督的职权范围是一省至数省的军政、民政，相对更侧重军政，有权节制一省至数省驻军，一定程度上充当了文官节制武官的角色。但是，民政事务也同样有权插手的。打个不太恰当的比方，总督更像是用来协调一省至数省军政事务的协调员这样一个角色。此外，清朝还设有河道总督、漕运总督等专职总督，专管河工、漕运等具体事务。清朝巡抚的职权范围仅限于一省的军政、民政，相对更侧重民政，但也有权节制本省驻军。如果硬要和现在的体制相对应，总督大致相当于建国初期华东、中南、西南大区的中央局书记兼军政委员会主席，而巡抚基本相当于省委书记兼省长、省军区第一政委。这只是生搬硬套，因为体制不同，二者并不能直接划等号。
此外，这里所说的节制驻军，更多的是监督，而不是指挥调动。实际上，清朝的总督、巡抚虽然有节制驻军的权力。但是，未经皇帝允许是不能调动驻防八旗和绿营驻军的。他们能直接调动的只有麾下直辖的督标或抚标人马，而且调用时同样必须走正式的调兵程序，并不能随意私用。此外，清朝部分总督的辖区只有一省，故而该省不设巡抚，由总督兼行巡抚职权。最典型的就是直隶总督和四川总督（清朝曾经设置直隶巡抚、四川巡抚，后裁撤，以总督兼行巡抚职权）。
除此之外，清朝的总督虽然品级上略高于总督，且部分总督的辖区也大于巡抚并和部分巡抚的辖区重叠。但是，总督和巡抚之间并不存在直接的上下级关系，即总督并不直接管辖巡抚，总督和巡抚都直接对中央、也就是皇帝负责。同时，因为总督和巡抚都拥有军政和民政管辖权。所以，辖区重叠的总督、巡抚经常会发生扯皮、争斗。而这种扯皮、争斗正是最高统治者皇帝希望看到的。总督、巡抚相互制衡，可以避免一家独大、最终尾大不掉，皇帝本人正好可以充当这种扯皮和争斗的终极仲裁者，以达到维护中央和皇帝本人权威的目的。此外，清朝还经常会出现总督、巡抚分由满臣（或蒙古、汉军旗人）、汉臣担任的人事配置，这说到底也是为了权力制衡。
总之，总督的官是的确比巡抚略大。但是，二者之间并没有直接的隶属关系。至于实力权力大小，还要看具体情况和皇帝的信任度而定。
