在激进与轻率中失去
康有为主张，“尊君权之道，非去太后不可”。他拒绝采取翁同 “调和两宫”的主张，可以说，这是康有为在政治战略上最严重的失策。
这种政治战略的前提，显然是十分错误的。首先，正如前所述，太后在变法问题上并非极端保守，她同意在有限的范围内进行变革。至少在变法伊始，并没有对改革构成根本障碍。其次，太后对光绪皇帝所具有的权威性，及其在群臣中的至高权势乃是不容忽视的客观事实。而康有为等人却根本无视这一即存事实。他们的致命错觉是，既然太后已经归政于皇帝。那么，在法统上，皇帝就应拥有相应的实权。一旦他们认为皇上并不拥有这种相应的权力，就应排斥太后作为改革的目标。
事实上，康有为排斥太后的做法，在变法派内部就受到不少人的反对。连作为戊戌六君子之一的杨锐也曾上奏指出，“皇太后亲将天下授之皇上，宜遇事将顺行，行不去处不宜固执已意。变法宜有次第。进退大臣不宜太骤。
而戊戌变法派内部的重要人物之一的王照，就曾指出，“外人或误以为慈禧反对变法，其实慈禧但知权利，绝无政见。若奉之以变法之名，使得公然出头，则皇上之志可由屈而得伸，而顽固大臣皆无能为也。”他在给皇上的第一份奏折中就提出这一点。并屡次向康有为提议。王照奏折中颇具新意的是，主张把变法的荣誉花环戴在太后头上，以此来满足这位老妇的虚荣心，以尽可能减少变法的阻力。
然而，康有为由于长期以来受到张荫桓的影响，坚执“挟此抑彼”之策。把慈禧太后视为“不可造就之物”来加以排斥。而在这种情况下，变法派不是分化了太后与荣禄的联合，而反而使两者由于利益与共而更为紧密地联合起来。
当慈禧太后从荣禄那里得知康有为等人的政变图谋，而深感自己受到威胁时，便会自然认为，当她让皇帝主政之后，少不更事而又无能的光绪皇帝受到一批居心不良的新党之徒的煽动，把大清社稷引向不可测的危险境地。
八月初四日傍晚，慈禧突然离开颐和园，返回大内。
据记载，光绪帝当时正在中和殿，侍卫太监传太后旨，引帝入于西苑瀛台。不久，太后驾到，她斥责光绪皇帝时讲了这样一段话：“汝之变法维新，本予所许，但不料汝昏昧胡涂，胆大妄为，一至于此。汝五岁入宫，继立为帝，抚养成人，以至归政。予何负于汝？而汝无福承受大业，听人播弄，如木偶然。朝中亲贵重臣，无一爱戴汝者。皆请予训政。汉大臣中，虽一二阿顺汝者。予自有法处置之。”慈禧太后再度垂帘听政。从此以后，光绪帝从此被幽禁于南海瀛台。直到生命最后一刻，他都不再拥有有任何权力。
八月初六日，慈禧正式颁诏训政：自本日起在便殿办事，并发出逮捕康党的旨令。康有为已于前一日取道天津南下。八月九日，六君子中的杨锐、林旭被捕。次日，谭嗣同、刘光弟等戊戌变法六君子被捕，八月十一日，慈禧下旨命原先在戊戌变法中被通令裁并的通政司、大理寺、光禄寺太仆寺等衙门照常设立。禁止士民上书言事。停止各省改祠堂寺庙为学堂。八月十三日，处死六君子。戊戌变法以至此以血的代价失败。
戊戌变法党人之一的王照在流亡日本以后，曾说过这样一段话，他认为，守旧党固然是误国者，但是，“康梁等亦庸医杀人者也。”这句话确实可以说是一针见血的。
从总体上来说，戊戌变法是在清王朝的统治者在其臣民中还具有相当的合法性的历史条件下，运用皇帝国的权威资源，自上而下地进行的一场变革运动。
戊戌人士激进变法的失败，最直接的后果，是加剧了社会内部的政治两极化过程。一方面，这这场变法引起了以满清权贵保守派的政治反动。他们以情绪化的方式，更为顽固地坚持“祖法不可变”的立场。一批更为昏庸、眼界更狭隘的“原教旨”保守派进入了权力中枢，并进而强化了朝野本来就存在的非理性的排外主义势力。他们注定成为清王朝残存的权威合法性资源的巨大消耗者。
另一方面，戊戌变法的失败，使相当一批现代化知识精英，由于对体制内的变革失望，而开始走向体制外的革命。“革命排满”从此成为日益强大的政治思潮。清王朝充当中国变革的主导者的可能性，将受到越来越严重的挑战。这种两极化过程使中国未来的命运，将由此充满了更多的变数。