上海的研究院有：上海微系统与信息技术研究所、上海技术物理研究所、上海光学精密机械研究所。
一、上海微系统与信息技术研究所
中国科学院上海微系统与信息技术研究所原名中国科学院上海冶金研究所，前身是成立于1928年的国立中央研究院工程研究所，是中国最早的工学研究机构之一。新中国成立后隶属中国科学院，曾命名中国科学院工学实验馆、中国科学院冶金陶瓷研究所。
2001年8月，根据科研领域和科技发展目标的调整，更名为中国科学院上海微系统与信息技术研究所（简称上海微系统所）。
中国科学院上海微系统与信息技术研究所学科领域为：电子科学与技术、信息与通信工程；学科方向为微小卫星、无线传感网络、未来移动通信、微系统技术、信息功能材料与器件。
根据2016年1月研究所官网显示，中国科学院上海微系统与信息技术研究所有在职职工780人，其中一线科技和管理人员685人，研究员及正高级工程技术人员89人，有院士3人；有8个研究室，6个分支机构，其中国家重点实验室2个，中科院重点实验室2个。
二、上海技术物理研究所
中国科学院上海技术物理研究所始建于1958年10月，由中国科学院上海分院与复旦大学联合创办。1961年独立建制，隶属中国科学院。是中国红外、光电技术领域的骨干单位和主要研发单位。
研究所以红外光电技术研究为定位，围绕红外、光电探测系统技术，红外焦平面和红外、光电系统核心元部件，红外基础物理理论应用基础研究三大领域开展研究工作。
截至2016年8月，研究所共有职工830余名，其中中国科学院院士7人，中国工程院院士2人；开设3个一级学科博士点、6个二级学科博士点、3个一级学科硕士点、8个二级学科硕士点。
2019年10月26日，2019年10月26日，中科院上海技术物理研究所的徐卫明，获得空间探测领域2019年度赵九章科学奖。
三、中国科学院上海光学精密机械研究所
中国科学院上海光学精密机械研究所（简称中科院上海光机所）是中国建立最早、规模最大的激光专业研究所，成立于1964年，已发展成为以探索现代光学重大基础及应用基础前沿研究、发展大型激光工程技术并开拓激光与光电子高技术应用为重点的综合性研究所。
中国科学院上海光学精密机械研究所研究所重点学科领域为：强激光技术、强场物理与强光光学、空间激光与时频技术、信息光学、量子光学、激光与光电子器件、光学材料等。
截至2021年7月，中国科学院上海光学精密机械研究所有在职职工883人，其中科技人员508人，中国科学院院士7人，中国工程院院士1人，发展中国家科学院院士2人。
有国家重点实验室1个，“中科院-中物院”联合实验室1个，中科院重点实验室4个，上海市重点实验室1个，合作共建研究机构3个；有在学研究生489人，其中硕士生251人，博士生238人，在站博士后12人。