1476年24岁的
达·芬奇被控与他17岁的男模特雅克布·萨尔塔
雷利发生同性恋关系，在两次听证会后，这案子因为证据不足而不了了之。这次审判无疑给达·芬奇带来了巨大的心灵创伤，之后的岁月里，他竭尽所能保护自己的私生活，甚至用倒写法隐藏自己的真实思想。所以，一切关于他是同性恋的猜想都停留在捕风捉影的阶段。
但是无论如何，这仍是人们津津乐道的话题。许多历史学家指出达·芬奇倾向于男性，他一生从未与任何女人有过
亲密关系，他的画作也证明了他对男性美的迷恋。他的素描基本上只针对男性裸体，对性器官的描绘尤其引人注意，而与之形成鲜明对比的是，他很少画到女人脖子以下的部分，即便画了，性器官也非常模糊甚至扭曲。
另外，达·芬奇笔记本里的许多注释暗示了他与男学生沙莱的暧昧关系，据说这关系持续了28年。达·芬奇去世前不久完成的画作
《施洗者圣约翰》美丽却妖冶，画中那男女莫辨的圣约翰原型就是沙莱。
1910年，
弗洛伊德利用达·芬奇的笔记作为原材料对其性取向进行了深入研究。他认为，达·芬奇将他的性欲表达在作品中，许多未完成的作品便是一种性挫败的象征。
用弗洛伊德的观点来看，同性恋者喜欢小男孩（或者孩子气的俊美青年），这是对自己童年的一种无意识的再现，继而也是对失去的母爱感情氛围的一种再创造。我们又一次从中发现了某种心理认同，当
列昂纳多看着沙莱的面容时，他有意无意中看到了童年时的自己。沙莱的母亲也叫
卡特里娜，这又进一步加深他的这种心理认同。
这里还有达·芬奇于1494年1月写的一张帐单上关于沙莱的记录，那时他还叫原名Gian Giacomo de' Caprotti。(Gian Giacomo de' Caprotti在1490年的圣抹大拉的玛利亚节开始和达·芬奇住在一起，他是来自奥
雷诺的一个10岁男孩，沙莱是达·芬奇给他起的绰号，意为“小魔鬼”或“恶魔”）：
7月23日，星期一，第二天，我请人为他作了两件衬衣、一双长筒袜和一件短上衣。但是当我把购买这些东西的钱备好的时候，他却从我的钱包里偷走了这些钱。虽然我确信是他干的，但他死不承认。（4里拉）
翌日，我和我的朋友安德里亚一起吃晚饭。这个贾科莫花了2里拉的饭钱，调皮捣蛋又赔了4里拉，因为他打碎了桌上三个油瓶，还弄撒了葡萄酒。后来他又跟我去吃晚餐，我在那里……（句子没有写完）
9月7日，他从跟我住在一起的
马可那里偷了一支价值22索尔多的钢笔。那是一支银尖钢笔，他是从他的（马可的）工作间里偷走的。马可找遍了整个房间，最终发现笔就藏在贾科莫的盒子里。（1里拉）
条目：之后的1月26日，我在加莱亚佐·达·圣塞韦里诺先生的家里，为他的马上比武大赛的庆典出谋划策。一些仆人脱掉衣服换上“野人”的服装，其中一个仆人把他的钱包随手放在床上的衣服里，贾科莫发现钱包之后把里面所有的钱统统拿走了。（2里拉4索尔多）
条目：就在同一个房间里，阿戈斯蒂诺·达·帕维亚大师送给我一张土耳其的兽皮让我做双短靴。还不到一个月，贾科莫就从我这里把兽皮偷走，以20索尔多的价格卖给了一个鞋匠。他后来向我坦白说这些钱他都拿去买茴香糖了。（2里拉）
条目：4月2日，乔凡·安东尼奥（即
博尔特拉菲奥）将他的银尖钢笔忘在他的一幅素描上面，贾科莫趁机又将其偷走。这支笔价值24索尔多。（1里拉4索尔多）
在空白处，作为总结，列昂纳多写下了四个词：小偷、说谎者、倔强、贪婪。这就是有关贾科莫的劣迹报告。
不论
达芬奇是否是同性恋，我们更多应该放在他给社会创造的成就，人无完人，感情生活上不要太苛求。