1、第1集：云霄飞车杀人事件
讲述高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件。
2、第50集：外交官杀人事件（下集）
讲述小兰找来医生时，却发现柯南不见了，服部已经开始了对凶手的指认。这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后。
3、第172集：飞天密室，工藤新一最初的事件（上集）
讲述小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前，新一在飞机上首次处理命案的事情，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上。于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查。
4、第173集：飞天密室，工藤新一最初的事件（下集）
讲述新一要求在对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线。
5、第205集：生死一瞬间，第三个选择
讲述帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件。这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里。
6、 第207集：危命的复活，新一回来了
讲述新一的出现圆满解决了案件。变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。
7、第208集：危命的复活，约定的场所
讲述在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开。
8、第308集：工藤新一NY事件(事件篇)
讲述小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧。
9、第309集：工藤新一NY事件(推理篇)
案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线，但他却不认为凶手是从观众席杀人，反而肯定凶手当时就在舞台上。
10、第310集：工藤新一NY事件(解决篇)
讲述新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话。
11、第572集：新一的真实身份和小兰的眼泪（上集）
讲述小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，而服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一。
12、第573集：新一的真实身份和小兰的眼泪（下集）
讲述死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化。
13、第668集：福尔摩斯的默示录（Love is 0）
讲述下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起，破解第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。
14、第669集：福尔摩斯的默示录（撒旦）
讲述来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现！在继续调查的过程中小兰从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。
15、第825集：工藤新一水族馆事件（前篇）
讲述小五郎让新一和小兰陪他一起去位于大分的别府温泉旅行，说到别府温泉最有名的莫过于地狱巡游之旅，就在小兰和新一兴致勃勃讨论的时候小五郎却在一旁默不作声。
16、第826集：工藤新一水族馆事件（后篇）
讲述新一从无人机上坠落后便失去了犯人的线索，佐藤警官上前拘捕犯人却反被挟持，新一和高木等人赶到后协力制服了犯人，但手提包内的1亿日元却不翼而飞。
001 云霄飞车杀人事件（初登场）呵呵，这个应该是变小之前，所以不算吧？
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
190 危命的复活～第三种选择（平次扮，后被揭穿）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过）
490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（初中生，也是变小之前）
521 杀人犯、工藤新一
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）（变回来的）
617 福尔摩斯的启示录（Love is 0）（变回来的）
618 福尔摩斯的启示录（撒旦）（变回来的）
621 福尔摩斯的启示录（0 is start）（想像）必看的哦！新一在大本钟下向兰告白啊！挺浪漫的，呵呵！
还有剧场版7 迷宫的十字路口
我自己整理的，希望能帮助你哦！O(∩_∩)O~本回答被提问者采纳
001 云霄飞车杀人事件（初登场） 002 董事长千金绑架事件（兰的回忆） 007 每月一件礼物威胁事件（远影） 010 足球选手恐吓事件（想像） 018 六月新娘杀人事件（回忆） 026 爱犬约翰杀人事件（回忆） 032 咖啡店杀人事件（回忆） 033 侦探团生还事件（远影） 042 卡拉OK厅杀人事件（远影） 048 外交官杀人事件(前篇) （回忆） 049 外交官杀人事件(后篇)（喝下白干后） 057 福尔摩斯迷杀人事件(前篇)（回忆） 076 柯南对怪盗基德 (远影) 084 滑雪别墅杀人事件(前篇)（回忆） 096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （想像） 100 初恋情人回忆事件(前篇)（回忆） 101 初恋情人回忆事件(后篇)（回忆） 118 浪花连续杀人事件（平次的梦） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 （远影） 162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰睡梦中的回忆） 190 危命的复活～第三种选择（平次扮，后被揭穿） 191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的） 192 危命的复活～新一回来了（药效没过） 193 危命的复活～约定的场所（药效没过） 196 看不见的凶器 小兰的初次推理 （兰的想象） 217 被封印的目暮秘密（远影） 219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 （回忆） 228-暗藏杀机的陶艺教室 (前篇)（兰的想象） 239 大阪的3个K事件(后篇) （远影） 250 偶像们的秘密(后篇) （剪报） 253 本厅刑事恋爱物语4(前篇)（远影） 255 松江玉造连句十四次胜负(前篇) （看见小狗走神） 271 急忙掩饰的忽略 (前篇)（小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一） 278 英语教师VS西部名侦探(后篇) （照片） 280 迷宫的阴暗（后篇）（柯南回忆） 284 中华街雨中的似曾相识(前篇) （兰的错觉） 285 中华街雨中的似曾相识(后篇) （兰的错觉) 286 工藤新一NY事件(事件篇) （回忆） 287 工藤新一NY事件(推理篇) （回忆） 288 工藤新一NY事件(解决篇) （回忆） 300 友情与杀意的关门海峡(后篇) （回忆） 304 震动的警视厅 1200万人质 （兰的错觉） 312 染上夕阳的布偶(前篇)（回忆） 330 被挑拨的友情(后篇)（回忆） 331 疑惑的咖喱饭(上篇)（想像） 343 便利店中的阴谋(前篇)（远影） 344 便利店中的阴谋(后篇) （远影） 345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮） 382 谁的推理秀(后篇） （服部回忆外交官杀人事件工藤说的话） 383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆） 387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌） 398 奇妙一家的委托(前篇) （想象） 399 奇妙一家的委托(后篇) （兰的想象） 400 心存疑惑的兰(回忆&.远影） 410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇) （回忆） 411 神社鸟居之惊悚暗号 412 神社鸟居之惊悚暗号（远影） 422 银杏色的初恋(后篇) （回忆） 413 完全一半犯罪之谜 （柯南的回忆） 423 侦探团与青虫四兄弟（远影） 434 名犬cool的功劳（远影） 437上户彩和新一 四年前的约定（回忆） 456 我喜爱的推理 （柯南的回忆） 457 园子的红手帕(前篇) （园子打比方） 472 少年工藤新一的冒险(前篇) 473 少年工藤新一的冒险 (后篇) 490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（初中生） 508卡拉OK厅的死角(后篇)（远影） 511 推理对决！新一vs冲矢昴（和兰打电话） 517 风林火山 阴和雷霆的对决（远影） 521 杀人犯、工藤新一 522 新一的真实身份和兰的眼泪 523 真正想问的事 524 憎恶的蓝色火花(前篇) （开头） 545 雾中尖叫的魔女(前篇)（远影） 新一在大笨钟下向兰告白
557 与危险的二人同行(柯南和哀打电话时） 565 没有看见的目击者（开头想象） 573 于心有愧的护身符的去向(前篇) （兰回忆522集的情形） 592 猴子与熊手的酉之市侦探物语（前篇）（兰回忆523集） 616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）（变回来的） 617 福尔摩斯的启示录（Love is 0）（变回来的） 618 福尔摩斯的启示录（撒旦）（变回来的） 621 福尔摩斯的启示录（0 is start）（兰的回忆）必看的哦！新一在大本钟下向兰告白啊！挺浪漫的，呵呵！
特别企划
鲁邦三世VS名侦探柯南（兰的幻想）
剧场特典
剧场版12特典：工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件 剧场版13特典：新一与兰 麻将牌与七夕的回忆
OVA
OVA1－柯南vs基德vs铁剑 （喝酒后） OVA2—十六个嫌疑犯 （兰的回忆、平次的错觉） OVA6 追踪消失的钻石 柯南平次vs基德（柯南的回忆） OVA8—女子高中生侦探 铃木园子的事件簿（兰的想象） OVA9—十年后的陌生人 OVA11 来自伦敦的绝密指令（去伦敦的飞机上）
特辑
飞上天空的十颗行星
001 云霄飞车杀人事件（初登场） 002 董事长千金绑架事件（兰的回忆） 007 每月一件礼物威胁事件（远影） 010 足球选手恐吓事件（想像） 018 六月新娘杀人事件（回忆） 026 爱犬约翰杀人事件（回忆） 032 咖啡店杀人事件（回忆） 033 侦探团生还事件（远影） 042 卡拉OK厅杀人事件（远影） 048 外交官杀人事件(前篇) （回忆） 049 外交官杀人事件(后篇)（喝下白干后） 057 福尔摩斯迷杀人事件(前篇)（回忆） 076 柯南对怪盗基德 (远影) 084 滑雪别墅杀人事件(前篇)（回忆） 096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （想像） 100 初恋情人回忆事件(前篇)（回忆） 101 初恋情人回忆事件(后篇)（回忆） 118 浪花连续杀人事件（平次的梦） 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 （远影） 162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰睡梦中的回忆） 190 危命的复活～第三种选择（平次扮，后被揭穿） 191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的） 192 危命的复活～新一回来了（药效没过） 193 危命的复活～约定的场所（药效没过） 196 看不见的凶器 小兰的初次推理 （兰的想象） 217 被封印的目暮秘密（远影） 219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 （回忆） 228-暗藏杀机的陶艺教室 (前篇)（兰的想象） 239 大阪的3个K事件(后篇) （远影） 250 偶像们的秘密(后篇) （剪报） 253 本厅刑事恋爱物语4(前篇)（远影） 255 松江玉造连句十四次胜负(前篇) （看见小狗走神） 271 急忙掩饰的忽略 (前篇)（小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一） 278 英语教师VS西部名侦探(后篇) （照片） 280 迷宫的阴暗（后篇）（柯南回忆） 284 中华街雨中的似曾相识(前篇) （兰的错觉） 285 中华街雨中的似曾相识(后篇) （兰的错觉) 286 工藤新一NY事件(事件篇) （回忆） 287 工藤新一NY事件(推理篇) （回忆） 288 工藤新一NY事件(解决篇) （回忆） 300 友情与杀意的关门海峡(后篇) （回忆） 304 震动的警视厅 1200万人质 （兰的错觉） 312 染上夕阳的布偶(前篇)（回忆） 330 被挑拨的友情(后篇)（回忆） 331 疑惑的咖喱饭(上篇)（想像） 343 便利店中的阴谋(前篇)（远影） 344 便利店中的阴谋(后篇) （远影） 345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮） 382 谁的推理秀(后篇） （服部回忆外交官杀人事件工藤说的话） 383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆） 387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌） 398 奇妙一家的委托(前篇) （想象） 399 奇妙一家的委托(后篇) （兰的想象） 400 心存疑惑的兰(回忆&.远影） 410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇) （回忆） 411 神社鸟居之惊悚暗号 412 神社鸟居之惊悚暗号（远影） 422 银杏色的初恋(后篇) （回忆） 413 完全一半犯罪之谜 （柯南的回忆） 423 侦探团与青虫四兄弟（远影） 434 名犬cool的功劳（远影） 437上户彩和新一 四年前的约定（回忆） 456 我喜爱的推理 （柯南的回忆） 457 园子的红手帕(前篇) （园子打比方） 472 少年工藤新一的冒险(前篇) 473 少年工藤新一的冒险 (后篇) 490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（初中生） 508卡拉OK厅的死角(后篇)（远影） 511 推理对决！新一vs冲矢昴（和兰打电话） 517 风林火山 阴和雷霆的对决（远影） 521 杀人犯、工藤新一 522 新一的真实身份和兰的眼泪 523 真正想问的事 524 憎恶的蓝色火花(前篇) （开头） 545 雾中尖叫的魔女(前篇)（远影）557 与危险的二人同行(柯南和哀打电话时） 565 没有看见的目击者（开头想象） 573 于心有愧的护身符的去向(前篇) （兰回忆522集的情形） 592 猴子与熊手的酉之市侦探物语（前篇）（兰回忆523集） 616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）（变回来的） 617 福尔摩斯的启示录（Love is 0）（变回来的） 618 福尔摩斯的启示录（撒旦）（变回来的） 621 福尔摩斯的启示录（0 is start）（兰的回忆）必看的哦！新一在大本钟下向兰告白啊！挺浪漫的，呵呵！
049 外交官杀人事件(后篇)
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
219 被召集的名侦探 新一 VS 怪盗基德
284 中华街 雨中的似曾相识（上集）(回忆)
285 中华街 雨中的似曾相识（下集）(回忆)
286 工藤新一NY事件(事件篇)
287 工藤新一NY事件(推理篇)
288 工藤新一NY事件(解决篇)
400 心存疑惑的小兰（回忆）
413 完全一半犯罪之谜(几秒)
437 上户彩和新一 4年前的约定(回忆)
457 园子的红手帕（前篇）(假设中出现)
472 少年工藤新一的冒险（前篇）(少年)
473 少年工藤新一的冒险（后篇）(少年)
剧场版
第1弹 引爆摩天大楼
第7弹 迷宫的十字路口
OVA 第一部