主要区别在于通过的考试科目不同、参加考试的条件不同、效力不同。具体来看：
1、通过的考试科目不同：
专业阶段合格证：考生需要通过《会计》、《审计》、《财务成本管理》、《公司战略与风险管理》、《经济法》和《税法》六科考试；
CPA全科合格证：考生除通过以上六门考试外，还需通过综合阶段考试科目。
2、参加考试的条件不同：
取得专业阶段合格证后，才有资格参加综合阶段考试，获取CPA全科合格证。
3、效力不同：
专业阶段合格证：是考生参加《会计》、《审计》、《财务成本管理》、《公司战略与风险管理》、《经济法》和《税法》六科考试并取得合格成绩的证明；
CPA全科合格证：是考生通过专业阶段和综合阶段考试的证明。取得全科合格证即有资格申请成为中国注册会计师协会非执业会员，或者取得全科合格证并在中国境内从事审计业务工作2年以上者，可以向省级注册会计师协会申请注册，取得注册会计师证书。
扩展资料
报名参加初级资格考试的人员，应具备下列条件：
1、坚持原则，具备良好的职业道德品质；认真执行《中华人民共和国会计法》和国家统一的会计制度，以及有关财经法律、法规、规章制度，无严重违反财经纪律的行为。
2、履行岗位职责，热爱本职工作；具备国家教育部门认可的高中毕业以上学历。
3、报考人员报名时，应提交学历证书、居民身份证明（香港、澳门居民应提交本人身份证明，台湾居民应提交《台湾居民来往大陆通行证》）等材料。
4、取得职业能力综合测试合格成绩的考生，会由财政部考办颁发全科的合格证，在成绩发布之日起45个工作日后，到参加考试的报名地地方考办领取全科合格证书。全科合格证签署的日期应当与财政部考办下发的批复文件日期一致。
参考资料来源：百度百科-CPA注册会计师
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