公司整体转让，实际上就是变更股东。属于股东出让股权。股东出让股权，缴纳契税、印花税和所得税。
根据《关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》(国税函[2002]420号)规定:转让企业全部产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，因此，转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不属于增值税的征税范围,不征收增值税。
扩展资料:
股权转让细节
1、在股权转让交易中，转让方为纳税义务人，而受让股权的一方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务。
2、股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
3、股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
参考资料来源:百度百科-股份转让
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等规定，国家税务总局于近日发布《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号），对个人终止投资、联营、经营合作等行为收回款项征收个人所得税问题作出公告。
公告指出，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税，适用税率为20%。
应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。
应缴个人所得税=应纳税所得额×20%
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