流程如下:
一、到当地政府或者畜牧局咨询补贴政策，确认自己养殖的品种和条件是否符合补贴政策，确认后可申请复印相关文件；
二、按照要求准备申请手续，申请补贴手续主要有两个，工商营业执照和动物防疫条件合格证，动物防疫条件合格证的领取条件较高，要求养殖场的建设必须按照标准化养殖场的模式建造，并有完整的生产记录(如防疫、饲料添加剂使用等)，且生产记录均必须是当地畜牧局认可的。
三、因各地的补贴政策均有所不同，所以补贴金额、项目等均有所不同，切勿按照其他地区补贴标准进行申请；
补充
1、省级每年根据当年扶持政策和预算资金安排情况，向设区市、直管县农民专业合作组织主管部门（财政、农业或农工部）下达申报通知，明确申报条件、扶持内容、每县申报个数等内容。
2、符合申报条件的农民专业合作组织，在申报通知下达后可向县级主管部门提出申请，县级主管部门对材料的合规性、真实性进行审查，按照公开公平公正的原则确定县级上报合作社名单。
法律依据：
《水产养殖业增长方式转变行动实施方案》
第三条第二款
（二）水产良种和渔业科技推广
1.加快推动水产良种体系建设
内容：根据渔业良种工程二期建设规划，适当结合水产健康养殖示范区的创建，以区域性重点养殖品种原良种场建设为重点，完善国家原良种体系建设。实施渔业种质资源保护项目，支持现有国家级水产原、良种场开展原种采集、整理、保存和良种选育工作。推动我国主要水产养殖品种的自主选育和品种创新。创新原良种场管理机制，提高良种繁育能力。积极争取国家和地方的财政支持，鼓励优良水产苗种的引进、推广和使用。2006年的主要任务：
（1）建设一批水产原良种场和遗传育种中心。
（2）实施渔业种质资源保护项目。
（3）选择1-2个品种，研究确定我国自主选育和品种创新工作的思路和技术路线。
（4）开展国家级水产原良种场运行机制调研，探讨水产良种补贴方法。
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