机关单位确定保密要害部门部位应坚持原则如下：
分级确定原则：保密要害部门部位是机关、单位保密管理的重点。精准确定保密要害部门部位是机关、单位的法定义务，也是加强保密要害部门部位保密管理的前提和基础。中央国家机关及直属单位保密要害部门部位由各机关、单位确定，报国家保密行政管理部门确认；
省级机关及直属单位保密要害部门部位由各机关、单位确定，并报国家保密行政管理部门备案；中央国家机关下属单位和省级以下机关、单位确定保密要害部门部位，应报中央国家机关保密工作机构或省级保密行政管理部门审核确认。
最小化原则：保密要害部门应当是机关、单位内部涉及重要国家秘密事项的最小行政单位，或其绝大多数内设部门涉及重要国家秘密事项的行政单位；保密要害部位应当是存放、保管涉密载体的最小专用、独立、固定场所。
一、保密要害部门部位确定标准
确定保密要害部门，一般是作为机关、单位日常工作中产生、传递、使用和管理绝密级或较多机密级、秘密级国家秘密的内设机构。
确定保密要害部位，一般是作为机关、单位内部集中制作、存储、保管国家秘密载体的专门场所。如机关、单位的保密室、档案室和涉密信息系统机房等。
二、保密要害部门部位的确定原则
1、内部确定原则，机关、单位保密要害部门、部位首先由本机关、本单位确定，以保密委员会名义向相应的保密行政管理部门报送确定或调整本机关、本单位保密要害部门、部位的申请报告和确定说明。
2、分级确定原则，保密要害部门、部位确定应遵循法定程序，按照分级确认的原则要求进行确定、确认和备案。中央和国家机关及直属单位保密要害部门、部位，由各机关、单位确定，报国家保密行政管理部门确认；
省级机关及直属单位保密要害部门、 部位，由各机关、单位确定，报所在省（区、市）保密行政管理部门确认，并报国家保密行政管理部门备案；
中央和国家机关下属单位和省级以下机关、单位确定保密要害部门、部位，报中央和国家机关保密工作机构或省级保密行政管理部门审核确认。
3、最小化原则，保密要害部门应当是机关、单位产生、传递、使用和管理国家秘密的最基层的内设机构，是涉及国家秘密事项的最小行政单位，或绝大多数内设部门涉及重要国家秘密事项的行政单位。
保密要害部位应当是集中制作、存储、保管国家秘密载体的最直接、最小的专用、独立、固定场所。各机关、单位应根据情况变化适时对保密要害部门部位作出调整，并报相应的保密工作部门确认或备案。