有三种说法，分别是：民间故事说、动物习性说和五行阴阳说。
1、民间故事说
轩辕黄帝要选十二动物担任宫廷卫士，猫托老鼠报名，结果老鼠忘了，从此猫见老鼠就寻仇。原本推牛为首，老鼠偷偷爬上牛背占先机。虎和龙不服气，被封为山神和海神，排在牛的后面。兔子不服，要和龙赛跑，兔子跑到龙前面。狗不乐意，一气之下咬伤兔子，被罚倒数第一。蛇、马、羊、猴、鸡之间还经过一番较量，最后猪跑来占据末席。
该传说还解释生肖为何无猫。其实远古中国无猫，家猫传入中国时生肖早已形成。这个近似于儿童故事的传说，远不是对问题的科学解释。
2、动物习性说
清代刘献延《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》：
子何以属鼠也？曰：天开于子，不耗则其气不开。鼠，耗虫也。于是夜尚未央，正鼠得令之候，故子属鼠。地辟于丑，而牛则开地之物也，故丑属牛。人生于寅，有生则有杀。杀人者，虎也，又，寅者，畏也。可畏莫若虎，故寅属虎。卯者，日出之候。日本离体，而中含太阴玉兔之精，故卯属兔。辰者，三月之卦，正群龙行雨之时，故辰属龙。巳者，四月之卦，于时草茂，而蛇得其所。又，巳时蛇不上道，故属蛇。午者，阳极而一阴甫生。马者，至健而不离地，阴类也，故午属马。羊啃未时之草而苗，故未属羊。申时，日落而猿啼，且申臂也，譬之气数，将乱则狂作横行，故申属猴。酉者，月出之时，月本坎体，而中含太阳金鸡之精，故酉属鸡。戌时方夜，而犬则司夜之物也，故戌属犬。亥者，天地混沌之时，如百果含生意于核中，猪则饮食之外无一所知，故亥属猪。
此说从昼夜十二时辰的角度解说地支和肖兽的配属。持论即有先天不足，十二地支及生肖最初用来纪日、纪年，标记时辰是使用范围扩大的结果，有些解释显得过于牵强。
3、五行阴阳说
明代叶子奇在《草木子》指出，十二种动物被安排是因为形体缺憾。
“术家以十二肖配十二辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无神、猴无臀、鸡无肾、犬无肠、猪无筋，人则无不足也。”
但明代学者朗瑛在《七类修稿》反驳：“庶物岂止十二不全者？”他提出“地支在下”，别阴阳当看足趾数目。鼠前足四爪，偶数为阴，后足五爪，奇数为阳。子时前半部为前夜之阴，后半部为当天之阳，正好用鼠来象征子。牛、羊、猪蹄分，鸡四爪，再加兔缺唇且四爪、蛇舌分，六者均应合着偶数，属阴，占六地支。虎五爪，龙五爪，猴、狗也五爪，马蹄圆而不分，均为奇数，属阳，连同属阳的鼠，占六地支。
阴阳学说解释生肖排序并非朗瑛创见，宋朝学者洪早在《旸谷漫录》中已有类似观点。朗瑛还将动物性情和阴阳学说相结合，把排序原因具体化：
“如子为阴极，幽潜陷晦，以鼠配之；鼠藏迹也。午为阳极，显明刚健．以马配之；马快行也。丑为阴也，俯而慈爱生焉，以牛配之；牛有舐犊。未为阳也，仰而秉礼行焉，以羊配之；羊有跪乳。寅为三阳，阳胜则暴，以虎配之；虎性暴也。申为三阴，阴胜则黠，以猴配之；格性黠也。日生东而有西酉之鸡．月生西而有东卯之免，此阴阳交感之义，故曰卯酉为日月之私门。今兔舐雄毛则成孕，鸡合踏而无形，皆感而不交者也。故卯酉属兔鸡。辰巳阳起而动作．龙为盛，蛇次之，故龙蛇配焉。龙蛇，变化之物也。戌亥阴敛而潜寂，狗司夜，猪镇静，故狗猪配焉。狗猪，持守之物也。”