杭州市最好的男科医院是浙江大学医学院附属第一医院男科。
解释如下：
浙江大学医学院附属第一医院男科，作为杭州市乃至整个浙江省内的知名男科医院，其在男科领域拥有深厚的专业积累和丰富的临床经验。该医院拥有一支专业的男科团队，涵盖了男科各个领域，如前列腺疾病、性功能障碍、男性不育等。同时，医院引进了国际先进的医疗设备和技术，为患者提供精准的诊断和有效的治疗。
此外，浙江大学医学院附属第一医院男科在业界享有很高的声誉，得到了广大患者和社会的认可。医院注重患者的隐私保护，为患者提供人性化的服务。同时，医院还积极开展健康科普宣传，提高公众对男性健康的认识和了解。
因此，如果您在杭州地区寻找男科医院，浙江大学医学院附属第一医院男科是一个值得考虑的选择。当然，其他医院如杭州市第三人民医院等也在男科领域拥有一定的专业优势，您可以根据自己的需求和实际情况进行选择。但浙江大学医学院附属第一医院男科在整体实力和口碑上表现突出，是杭州地区男科领域的领军医院。