洛克的父亲也叫做约翰·洛克，是一名在萨默塞特郡（Somerset）担任地方法官书记的律师，曾经在英国内战时担任议会派部队的军官。洛克的母亲艾妮丝·金恩则是一名制革工匠的女儿，据传长的相当漂亮。洛克的双亲都是清教徒。洛克在1632年8月29日生于萨默塞特郡的威灵顿村，一个距离布里斯托大约12英里的地方。他在同一天被受洗。出生后不久，洛克家搬到了布里斯托以南7英里的Pensford镇区，洛克便在那里的一个农村长大。
1647年，在父亲的友人，也是国会议员的Alexander Popham的资助下，洛克被送至伦敦就读西敏中学（Westminster School）。在从西敏中学毕业后，洛克接着前往就读牛津大学基督教堂学院（Christ Church）。虽然洛克的成绩相当杰出，他却对大学安排的课程感到相当乏味和不满，他发现一些当时的哲学家例如笛卡尔等人的著作都要比大学里教授的古典教材还要有趣。透过在西敏中学认识的同学理查·洛尔的介绍下，洛克开始将兴趣转向一些实验哲学和医学的研究，并且成为了皇家学会院士。
洛克在1656年获得学士学位，接着在1658年获得硕士学位。由于在牛津期间广泛学习医学、并且曾与许多知名的科学家如罗伯特·波义耳、罗伯特·胡克共事，洛克后来还在1674年获得了医学学士的学位。在1666年，洛克认识了沙夫茨伯里伯爵（Anthony Ashley-Cooper），伯爵当时正为肝脏感染疾病所苦，在接受洛克的悉心治疗后相当感激，于是说服洛克成为他的助手。
找到新工作的洛克于是在1667年搬进了沙夫茨伯里伯爵于伦敦的住所，兼任他的个人医师。在伦敦，洛克在知名医师托马斯·西德纳姆（Thomas Sydenham）的指导下继续研读医学，西德莱姆对于洛克在自然哲学上的概念产生极大影响，这种影响可以在后来洛克所著的《人类理解论》一书里发现。
随着沙夫茨伯里伯爵的肝脏病情逐渐恶化，洛克所学习到的医学知识也备受考验。洛克负责协调其他几名医师一同参与治疗，并且说服沙夫茨伯里伯爵接受一次开刀手术（开刀在当时本身就是可能致命的）以移除肝脏内的囊肿。手术进行得相当成功，疾病也逐渐复原了，伯爵感激的称赞是洛克救了他一命。
在担任沙夫茨伯里伯爵医师的时期，洛克开始撰写一些在后来被出版为《人类理解论》一书的草稿，其中有两份草稿依然保存至今。也是在这个时期洛克担任了伯爵所创建的贸易与种植园事务委员会的秘书，提供伯爵有关国际贸易和经济上的意见。
沙夫茨伯里伯爵身为辉格党的创立者之一，对于洛克的政治思想有极大影响。伯爵于1672年被指派为英国大法官（Lord Chancellor），洛克也随之参与各种政治活动。1675年，在伯爵于政坛失势后，洛克前往法国旅行。在1679年当伯爵的政治情势稍微好转时，洛克又回到了英格兰。也是在这个时期，很可能是出于伯爵的鼓励，洛克开始撰写知名的《政府论》一书。在书中洛克替后来1688年的光荣革命提出辩护，但也批评了托马斯·霍布斯等人的独裁主义政治哲学。虽然洛克是与较具权势的辉格党共事，他所提出的自然权利以及政府理论在当时可说是相当激进而革命性的。
然而到了1683年，由于被怀疑涉嫌一件刺杀查理二世国王的阴谋（虽然根本没多少证据能证明他直接参与了谋刺案），洛克逃亡至荷兰。在荷兰，洛克终于有时间继续开始撰写许多著作，花了许多时间重新校对他的《人类理解论》以及《论宽容》的草稿，直到光荣革命结束为止洛克都一直待在荷兰。在1688年洛克跟随奥兰治亲王的妻子一同返回英格兰。在抵达英国后不久洛克开始将大量的草稿出版成书，包括了《人类理解论》、《政府论》、以及《论宽容》都在这段时期接连出版。
洛克的密友玛莎姆女士（Masham）邀请洛克前往她在艾塞克斯郡的乡下住所定居。虽然当时洛克的身体状况已经因为哮喘病发作而饱受折磨，他仍成为了辉格党的英雄人物。在这段期间洛克也经常与艾萨克·牛顿等人讨论各种议题。
从1691年开始洛克一直住在玛莎姆女士的家中。在健康状况不断恶化，洛克在1704年10月28日去世，并被埋在艾赛克斯郡东部的High Laver小镇的一个教堂墓区。洛克终身未婚，也没有留下任何子女。
虽然洛克一生中经历了王政复辟、伦敦大火、伦敦大瘟疫等许多历史事件，他仍没来得及在有生之年看到他的理念被实践。君主立宪制和议会民主制的发展在洛克的时代都还处于早期阶段。
