天顺四年十二月六日（1461年1月17日），祝允明生于山西太原，其祖父祝颢时任山西布政使司右参政。
天顺八年（1464年），祝允明开始临贴学习书法，不久可以写大字。同年，祝允明的祖父祝颢致仕。 成化元年（1465年），祝允明随祖父祝颢从山西南归，途经太行山。
成化四年（1468年），祝允明生胎疡，卧床休息，发现卧床处有诗，激发了祝允明学习作诗的兴趣。不久病愈，祝允明开始拜师学习经义。
成化八年（1472年），祝允明开始学习作文。七月十五日，外祖父徐有贞病卒。
成化十一年（1475年），祝允明游雍熙寺，写《游雍熙寺杂记》一诗赠于寺僧。同年，母亲徐氏病卒。
成化十四年（1478年），祝允明娶中书舍人李甡（字应祯）之女为妻。
成化十五年（1479年），祝允明考中秀才。开始力攻古文，后为学官司马垔称赏，允其补廪生。七月三日，长子祝续出生，祖父祝颢大喜，赋诗两首庆祝。同年，父亲祝瓛续娶陈玉清为妻。
成化十六年（1480年），祝允明赴乡试，落第。同年，继母陈玉清生一女。
成化十九年（1483年），祝允明再赴乡试，又落第。同年，七月父亲祝瓛死。十二月祖父祝颢病卒。
成化二十年（1484年），祝允明收张灵为弟子。
成化二十一年（1485年），祝允明在家居父、祖之丧，其间读书有所得，汇编成《读书笔记》。十二月二十二日，祖姑祝妙清卒，祝允明撰写墓志铭《王府君妻祝氏硕人墓志铭》。同年，祝允明有书法作品《庄子秋水篇》。
成化二十二年（1486年）五月，祝允明应吴宽邀请书宋代苏州东禅寺僧所作《林酒倦诗》，沈周、唐寅等都有题咏。（注：酒倦是宋代东禅寺僧人，俗名姓林，因嗜酒故号酒倦。）五月后，临摹萧子云、薛稷书法作品，并书有《高唐赋》。六月，临摹《黄庭经》。七月望日后，书《千字文》。秋，赴应天乡试，落第。九月，外祖母蔡妙真卒，代母舅撰墓志铭《显妣武功伯夫人蔡氏袝葬志》。同年，与友人潘崇礼订交。为友人沈周书《秋轩赋》。
成化二十三年（1487年）长至日，编定所著《浮物》。十二月初六，祝允明生日，有感慨述志写文。同年，有行书作品《燕喜亭等四记》。 弘治元年（1488年），正月上日，祝允明有感于“匪物不初，维笃乃完”作《笃初》一文。九月九日，作《江城子》词一首。十一月，为沈周妻陈氏作墓志铭。除夕，书写《成化间苏材小纂》。同年作《养虎传》，有行书《离骚经》、《和诗二十首》。
弘治二年（1489年），祝允明与都穆以古文辞出名，有文徵明、唐寅等追随。二月，应乡人许朝相邀，在其所得元代倪瓒的《江南春》和诗。夏日，祝允明与都穆、杨循、史经、朱凯等常去朱存理僦松轩避暑，饮酒、品书、鉴画以为乐事。七月，赴应天乡试，住在南京岳父家。八月三日，生病回到苏州就医，五十日后病才愈，误了此次乡试。九月二十一日，祝允明的好友周庚下葬，因为生病没能前往，写诗哭祭。
弘治三年（1490年）五月十八日，祝允明居住在卧龙街，夜间听到谯楼鼓声，作《谯楼鼓声记》。六月十九日，撰《祖允晕庆诞记》。八月晦日，书《离骚经》。十月七日，祝允明的祖父的朋友颜昌卒，为其撰写墓志铭。十月，写诗和吴宽所题倪瓒的《秋林远岫图》。十二月六日生辰，赋诗一首。同年，好友谢丙五十岁，为其撰《说逸》。同乡好友王观汇整其先人的《王氏著作文集》，又重刻《震泽纪善录》，祝允明为其作序。
弘治四年（1491年）正月人日，祝允明与李询等往承天寺之圆通附院游玩，写诗题其壁上。正月九日，夜间在李询家喝酒，信手作长句一篇。同日，继母陈玉清之父陈绅卒，明年下葬，为其撰墓志铭。三月晦日，书《畸崖记》、《谯楼鼓声记》、《魂游曲林记》。四月十一日，好友钱恺卒，为其作画像赞。四月，病中作诗四首。六月五日，在友人王锜家观宋代李麟《图史卷》，写文记之。八月一日，为好友谢丙的亡父谢会的遗稿作序。九月四日，写有《动静记》。九月，为谢会及其妻卢妙定撰写合葬志。长洲县令刑缨离任，与好友王锜写诗为其送行。十月二日，为友人朱凯书旧作《苏武慢十二篇追和虞韵》。十一月，撰《都师郭公葬部人陈颐之碑》。同年，叔父文森赴京，作文相赠。写文为离任的长洲县学教谕彭道送行。为同乡都容作传。
弘治五年（1492年）正月，写诗和吴宽《喜雨》诗。三月望日，与祖元晕共饮，书杜甫诗相赠。秋，中应天乡试，主考官为王鏊。九月上旬，书《米颠小史》。好友王锜建燕翼堂，为其作《燕翼堂记》。
弘治六年（1493年）春，赴会试，不中。这年春，为好友书《杨柳花》、《春莫曲》、《投钗吟》、《沈先生西山雨观图》。五月，外叔祖母高妙安卒，撰墓志铭《徐府君妻孺人高氏袝葬志》。七月九日，岳父李应祯卒，为其写行状录，文林为其写墓志铭。八月一日，写诗题沈周所摹《米敷文大姚村图》。八月七日，为乡人蔡蒙写行状《中宪大夫广西南宁府知府蔡公行状》。腊月二十日，写抒怀诗十五首。腊月二十四，写《送龟诗》。除夕，写《除夕守岁》诗一首。
弘治七年（1494年）元旦，作诗一首。春，苏州府城隍庙新井成，写文记其事。六月二十日、二十一日，与洪子等游福昌寺避暑。六月二十四日，游雍熙寺。七月，好友陆容卒，写诗哭之。中秋，以临古人贴赠送好友彭日方。十月二十四日，冒寒过访沈周，沈周作《林壑幽深图卷》相送。十二月，乡人薛英卒，为其写墓志铭。
弘治八年（1495年）二月，梦中与人论《易》，写文记其事。九月九日，临赵孟兆书《过秦论》。秋，应费子之请，为其余虚有其表号云江写文记之。
弘治九年（1496年）元旦，途经扬州，未入其城。二月，在京会试，不第。五月，书自作诗《三畅咏》。九月朔日，书《离骚》首篇。秋，有事过南沙处，南沙出示宋拓智永《真草千字文》把玩三天，不忍，临一遍。十一月，为友人吴廷用作《钓月亭记》。同年，秦文奉旨营葬吴宽之母，返程为其送别，写诗相赠。同年，书自作诗《北邙行》。
弘治十年（1497年）三月，范从规卒，为其写墓志铭。五月，有文题仇英《兰陵介和图》。五月十日，友人谢昺卒，为其写墓志铭。六月，表姐徐德妆卒，为其写墓志铭。九月，为乡人书画家陈逻写墓志铭。十月，书《可竹记》。应太仓州淀在甘泽之请，为其辑订族谱。苏州开元禅寺重修完毕，为其撰碑文。
弘治十一年（1498年）四月，姑父汤瑄卒，为其写墓志铭《登仕佐郎鸿胪寺序班汤府君墓志铭》。岳母王氏卒，为其写墓志铭《明故南京太仆少卿李府君室恭人王氏墓志铭》。夏，有诗题戴进《孤舟图》。
弘治十二年（1499年）春，赴京会试，落第。十月，为汤文奂自号宜轩作记。同年，手录宋代洪迈《夷坚丁志》。
弘治十三年（1500年）正月，为新安罗惟善序其重刻十二世祖的《鄂州小集》。正月二十七日，书《黄庭经》。三月，撰《椿树秋霜序》题在唐寅《椿树霜图》卷后。八月，书《仰山堂铭》。十一月冬至日，序友人王锜所著《寓辅杂记》。十二月二十一日，余杭方祥卒，为其写墓志铭，其子方坤、方翼皆是祝允明的学生。
弘治十四年（1501年）二月，题顾氏所藏唐代怀素《千字文》卷。为太仓知州李端撰其父母合葬志。三月，苏州府重修湖川塘竣工，写文记其事。三月，撰书《太仓州儒学记》。五月，为友人撰《寿意图序》。八月，于嘉禾途中写《邓攸论》。同年，书《关公庙碑》。
弘治十五年（1502年）春，赴京会试，不第。二月，母舅徐世良卒，为其写墓志铭《昭武将军上轻车都尉锦衣卫指挥使徐公碑》。八月一日，在南京为黄璋夫妇作《偕美赋》贺其生辰同年同月同日。同年，吴县知县邝璠离任，为其撰文。书有小楷《一江赋》。
弘治十六年《1503年》正月，姑父刘汝大的继室王妙庆卒，为其撰墓志铭。九月，南京汪宗道家藏书法名画丰富，赏玩一番。同年，题宋代米芾《九帖》。
弘治十七年（1504年）二月，与文徵明、唐寅出游东禅寺，为僧人书《饮中八倦歌》。三月十九日，友人钱腴卒，为其写行状和祭文。七月，吴宽卒，写诗哭之。同年，有行书《离骚》。
弘治十八年（1505年）春，赴会试，不第。四月，为亲家王观书《王氏复墓记碑阴》。七月，应王鏊及苏州知府林世远之聘，修《姑苏志》。秋，在修志馆，写诗和王鏊的《晚秋白莲》。与文徵明会于城南，互有诗作赠答。书《充齐记》、《听泉记》。书《招凤辞》于唐寅所绘《南游图》后。 正德元年（1506年）二月，《姑苏志》初稿成。春，过沈与文家，为其书《卢姬曲》。四月，王鏊以吏部左侍郎入阁，唐寅绘《出山图》，祝允明、徐祯卿、张灵等题咏以示庆贺。开始校刻《姑苏志》。赋《浩歌行》感叹人生年华易逝，功名富贵难成。
正德二年（1507年）正月十日，致书王鏊，述《姑苏志》校刻情况。二月，唐寅持所绘《高士图》请其书赞于其上。夏，往南京小住，有诗作赠沈与文。题元代赵雍《开月骐骥图》。六月，纳凉古寺，书刘基《二鬼》诗。秋，寓南京，为沈与文书自作诗。秋，与无锡华王呈共淳，啜敬漪澜堂，书杜甫的诗，撰《成趣园记》。秋，子祝续中应天乡试第一百一十一名。同年，有行书《芝庭记》、楷书《琵琶行》《宋玉诗赋册》、草书《宋玉钓赋》、《兰花咏》、《杜甫秋与八首》等。
正德三年（1508年），赴京会试，不第。朝廷请其修《孝宗实录》，辞不就。秋，与唐寅、文征明、沈周、杨循吉等送戴昭归家，有诗相赠。秋，书《严先生祠记》。十一月七日，好友朱应登之父六十寿，为其作铭。同年，子祝续在南京，写诗寄怀。
正德四年（1509年）二月，书王鏊所作《天平》、《一云》、《金山》、《南峰》等诗。三月，好友王闻绘《存菊图》，为其作《存菊解》。三月下旬，到亲家王观家中，应其邀请为其书《雕赋》。初夏，与好友唐寅泛舟游玩。端午，题祖父祝颢、外祖徐有贞与友人《雪夜联句》手绩。九月下旬，书《前后出师表》。闰九月十三日，作《梦中为游山诗》。冬十一月，与好友王韦、顾璘、朱应登等宴饮于史后知山堂，庆祝朱应登升任延平知府。
正德五年（1510年）正月，吴越发大水，民不聊生，作《九愍》。二月，撰《梦草记》。四月十八日，书《洛神赋》于友人文徵明的《洛神图》上。夏五月，作草书《秋日月居赋》卷。六月，撰《梨谷记》。立秋，作《知秋赋》。中元，临米芾《龙真行》。七月，唐寅绘《古溪黄翁作寿图》撰文书其上。八月二日，临《黄庭经》。十一月三日，题孙育刻宋代陈少阳书法，题朱承爵所藏《眉山六帖》。同年，有作品《杂诗》、《问情赋》、《千字文》、《题石田杂花》。
正德六年（1511年）春，好友施儒入京会试，为其饯行。二月，会试不中。长子祝续中进士，选为庶吉士，祝允明闻之甚喜，作诗几首。在京为虞来凤作《东山竹屋记》。秋，在镇江，应邀修镇江地方志。八月，在家著《野记》。九月，乡人刘度卒，为其写墓志铭。冬，与文徵明、朱存理、朱凯、邢参、陈淳宴于杨循吉家。
正德七年（1512年）闰五月二十六日，写诗寄怀。以《上俞都宪备贼事宜状》，陈南京守备之事。六月，断酒两年后第一次醉。七月二日，致书陆完，上平定刘六、刘七之计。八月十九日，书唐代李白的《问月篇》。十月，游淮楚，寄居在友人大河卫指挥使王廷瑞家。十一月，在淮阴为晋氏作《淮阴晋氏先德碑铭》。十一月十日，友人王廷瑞卒，写辞悼念。同年，有《江淮平乱诗什序》。
正德八年（1513年）花朝日，书唐诗六首。六月一日，作《江淮平乱事状》述刘六、刘七事件始末。七月，避暑山中，好友杨循吉持董源、李成、巨然、范宽的作品来访。八月，宿东禅寺，书《东坡记游》。十月，长子祝续得授官礼科给事中。
正德九年（1514年）二月，赴会试，不中。三月三日，赴好友施儒宴请，拒绝了施儒下科再考的劝告，七试不中，决心不再赴会试。由京返回，致书朱应登，以所编定的集子请其作序。四月十二日，友人华夏来访，请书《前后出师表》在其所藏的《武侯图》上。秋，赴京就选，得授广东兴宁知县。十一月，南下赴任，有诗述怀。
正德十年（1515年）三月，唐寅自宁王邸归吴，皈依佛教，自号“六如居士”，筑室桃花坞。暮春四月，祝允明作《杭州夏日以文会诸君従聘宅序》：“凡士居以学展策冯几，或受教圣贤，辨难英杰，闭户终日，恐一尘客挠也……”五月，祝允明小楷《前后赤壁赋》（现藏日本东京国立博物馆）。又作《乙亥五月五日王佥宪文明邀宴庐陵螺川驿楼观竞渡（七律）》。是年秋，祝允明赴兴宁县任。
正德十一年（1516年）五月二日，祝允明偶在县署之念慈斋避暑静坐，发现旧作《拟诗外传》数篇，遂书在素卷之上。八月，草书《米元章论书卷》。秋，书《待漏院记》。又作《陶渊明饮酒诗》。秋，作《越台诸游序》：“顾公丙子秋，来佥广东提刑按察事，至旬日即往潮州督捕漳州贼……”九月九日，祝允明作《丙子重九戏题》。十二月二十日，祝允明在兴宁县斋书《墨林藻海》一卷。冬，上司因允明催交秋税不力，停发他的官俸，作《归与》。祝允明应命修兴宁县志。十二月二十九日，做《正德兴宁县志序》，自谓：“冬，承台省檄治通志。辞不获。将自县趋召，因以意授弟子员刘天赐、王希贤、李庠、张天赋，使以殷书为本，征扣见闻，补漏匡误，迄于当时事为编以归，允明于舟中稍为芟除比联，以成书四卷。题曰：‘正德兴宁县志’。”
正德十二年（1517年）春日，祝允明过漕湖讲堂望鸿斋，见宋纸精美，作行书《古诗十九首》册并跋。某日，又作行书《连昌宫辞》等诗稿。六月二十七日，祝允明书《越台诸游序》。七月，祝允明行书《杨太真外传》。祝允明赴广东任职三年中，表弟赵某前往看望两次，饯别时祝允明作《广州别表弟赵二》相赠。九月，祝允明还兴宁县，二十七日夜渡头舟中作《将归行》，此时其继母在苏州、妻子在广州、儿子祝续在北京。祝允明在兴宁任上，作《上巡按陈公辞召修广省通志状》据文中所言，则文当作于“正德兴宁县志”修讫之后。祝允明在兴宁县任上，作《题黄山人诗巻》。
正德十三年（1518年）四月十九日，祝允明在潮州独往谒文公（韩）庙，浮桥上走到一半，又只有用小舟渡河，风雨交加，江水汹涌，小舟几乎不能渡，退到桥尾，风转厉，只有远远的看着遥拜返回，因此作《望韩》。七月廿三日，记叙有《游浮罗记》。
正德十四年（1519年）祝允明《己卯春日偶作韩致光体》。
正德十五年（1520年）春日，祝允明临王羲之《黄庭经》一册。二月二十七日，作《庚辰二月二十七日晓官窑中口号》。三月，祝允明过访士元家作诗相赠。某日，祝允明在谢云庄通家新居小楼览元人《寿星图》并题于其上。某日，孙七峰与唐寅、祝允明、杨邃庵、陈石亭、张石川诸君题名岩表，镌刻游记。
正德十六年（1521年）六月一日，祝允明在天津官舟雨中，戏用山谷草法应酬知友索书，并题于后。秋日，作草书《赞辞》附于文伯仁画《杨季静小像》。十一月三日，祝允明作小章草《闲情赋》，自识云：“冬日，拥炉于小闾，过云庄至，除素纸索书钟繇张草，勉为呵冻手书之。”十二月，祝允明作《张长史四诗帖跋》。是年，祝允明被荐应天府通判，专督财赋。 嘉靖元年（1522年）是年，祝允明任应天府通判，故被称为祝京兆。在南京任上近一年，祝允明上疏求致仕。春二月十二日，祝允明过武林寓昭庆寺，访灵梵上人，得览赵文敏所书《圆觉经》，乃闭关月余，敬书《圆觉经》一卷。三月，祝允明作草书卷于从一堂。五月五日，祝允明行书《庄子逍遥游》于寒绿堂。是年，祝允明作《读嘉靖改元诏书并阅邸臣敬作古调》一首。作草书《荔枝赋》。又作草书《前后赤壁赋》卷。
嘉靖二年（1523年）正月初七，作《鹤章》其序曰：“癸未嵗人日，余家搆新堂成肃延北山，老师醮陈感佑之，谌当奏章时仙骐三辈旋导燎台，奏升而驾亦逝众目瞻竦敬赋一章铭志，玄赐兼谢周师精髙之效书奉并望和篇。”归乡后居外祖父徐有贞日华里旧宅，正月八日，筑怀星堂。三月，作《苏台八咏小词》。四月，文征明至京师，授翰林待诏，祝允明有诗见赠。闰四月下旬，祝允明过云庄楼酒次，出经纸索书千文。二十五日，祝允明作草书《自书诗卷》，又作草书《太白酒楼诗卷》，草书《柳宗元梓人传轴》。十二月初二日，唐寅殁。应唐寅之弟唐申（字子重）之请，祝允明撰《唐子畏墓志并铭》，王宠书。祝允明曾作《哭子畏二首》及《再挽子畏》。是年，祝允明又作《赵姑夫启殡祭》、《李硕人墓志（李柔）》、《史在野（史臣）》、《古调尚书内相毛文简公挽辞（毛宪）》。
嘉靖三年（1524年）三月，祝允明作《所事儒教鬼神解》。秋夜，饮宴于陈氏山亭，灯下草书《赤壁卷》：“秋八月望夜，设小宴中庭，月色如画，另仆篝灯，漫书苏公赤壁二赋，以归文贵孙子缘。”同年某日，又作《前后赤壁赋册》。老师王鏊殁，年七十五岁，十一月二十日，祝允明作《祭王文恪公文》。祝允明又作《张文声妻左氏墓志铭》、《苏州府学政科盛公墓志铭》、《守斋处士汤君闻守生圹志》、《先妣陈夫人墓志》。其继母陈夫人于十一月二十日，葬于横山丹霞坞其父坟茔之右，年七十有六。
嘉靖四年（1525年）二月，祝允明楷书《离骚经》。初夏，草书《夏后氏之圭帖》。七月，为九畴作草书《月赋》卷。又作草书《和陶渊明饮酒二十首》。秋日，作草书《七律九首帖一卷》。又作草书《闲居秋日诗》卷。又作草书《七言绝句》卷。九月，祝允明访文嘉，文嘉知悉祝氏手里拮据，设茧丝纸及上好笔墨，引起祝允明豪兴，挥写行草《古诗十九首》，嘉付以酬金。此卷后刻于文征明《停云馆帖》。同月，祝允明曾用二文羊毫作行草应酬，并题于后。某日，为顾璘书写《千字文、长清静经》卷。又作《志谢可节墓志铭》。
嘉靖五年（1526年）正月，允明作《太仓州新志序》。九月七日，作《祝文》。十月，昆山魏诚甫远谒祝允明，求书《黄庭经》，祝允明抱病书写。又作小章草《书述》。十一月，祝允明作章草《后赤壁赋》于文征明《赤壁图》后。是年，作组诗《怀知诗》，缅怀平生知己一十八人，共一十九首。十二月二十七日（1527年1月28日），祝允明病故。
嘉靖七年闰十月十六日（1528年11月27日），祝允明葬于横山丹霞坞其祖父祝颢墓旁。好友王宠为其写行状，陆粲为其撰墓志铭。
