从形式上来讲,将朝鲜语和日语归入阿尔泰语系都存在一些不完备的地方,所以在划分上也存在一些争议。朝鲜语和日语在语法上和阿尔泰语系的语言非常相似;但在词汇上,有数量巨大的汉语词汇;在语言发音上,类似于汉语北方方言的发音(尤其日语开音节结尾特征明显)。
朝鲜语(韩语):朝鲜语有人把它归为阿尔泰语系,有人把它归为南岛语系。朝鲜语在结构上和阿尔泰语类似,朝鲜语跟阿尔泰语系的其他语言之间的同源词汇不算非常少。反对将朝鲜语归入阿尔泰语系的学者一般都以此作为反驳的力证。语音方面阿尔泰语以后舌音居多,而朝鲜语基本都是前舌音属于典型的南太平洋音。朝鲜因受汉语和太平洋语(南岛语系语言)影响较大,故谱系须进一步研究。也有观点认为朝鲜语跟日语共属于一个新的语系,持该观点的学者们认为朝鲜语的文法与日语的文法有着惊人的相似度,两者历史上又共同受过汉语的影响,但是朝鲜语跟日语之间缺乏同源词也成了异议的学者们反驳该观点的力证。第三类观点认为朝鲜语跟日语一样,都是孤立语言,他们跟世界上已知的语系都没有关联。持该观点的学者们以“同源词问题”支持着该观点。
日语:日语的情况和朝鲜语类似,在语法和结构上和同属于粘着语的阿尔泰语系基本相同,在同源词汇上和阿尔泰语系东支(扶余、高句丽)拥有同源关系,在发音上带有开音节语言的强烈特征,又兼收了中古汉语语音和北朝北方汉语方言的音韵特点,词汇上分为汉语、固有词和外来语(其中汉语占绝对优势,且以汉音为主)。日语是世界上典型的大量吸收和应用外来语的一种语言,大量存在着从汉语、英语以及其他语言中引入的借词,这也给想通过同源词汇来探寻日语和阿尔泰语之间关系的工作带来了很大困难,所以人们从语言框架上的一致性出发将日语划入阿尔泰语系列,其他部分学者出于日本在局部体现出的较为复杂的多样性持反对意见甚至将日语和韩语归为两种孤立的语言。