具体内容参见“世贸中心爆炸案”
1993年2月26日，世界贸易中心被伊斯兰极端分子在地下室放置炸弹，导致6人死亡，1000余人受伤。并将世界贸易中心地下炸出一个30米的大洞，后来这些恐怖份子都被判处240年的徒刑。 具体内容参见“9·11事件”
2001年9月11日，世界贸易中心被以本·拉登为首的“基地”组织策划的恐怖袭击所摧毁，共2979人丧生。
8时46分40秒，美国航空公司11次航班（一架满载燃料的波音767飞机）以大约每小时490英里（约合790km/h）的速度撞向世界贸易中心北塔，撞击位置为大楼北面94至98层之间。大楼立即爆炸，而飞机上的燃料倾倒进大楼，更加剧火势，整幢大楼结构遭到毁坏。被撞击楼层以下的人员开始疏散。但3道楼梯都被撞坏，因此被撞击楼层以上的人员无法逃离。
9时02分54秒，美国联合航空175次航班（另一架满载燃油的波音767飞机）以大约每小时590英里的时速撞入世界贸易中心南楼78至84层处，并引起巨大爆炸。飞机部分残骸从大楼东侧与北侧穿出。但还有1个楼梯间完好无损，因此少数在撞击点以上的人员仍可生还。纽约世界贸易中心的两幢110层摩天大楼在遭到攻击后相继倒塌，除此之外，世贸中心附近5幢建筑物也因受震而坍塌损毁。
倒塌原因
世界贸易中心是由日裔美籍建筑设计师山崎实所设计。事后据他生前的助手说，因为参考过去帝国大厦曾经受到美国空军轰炸机误撞事件的影响，在设计过程当中已经考虑到需要使大楼结构足以抵御大型飞机的直接撞击。有报导分析，认为大楼的倒塌并不是因为飞机的直接冲撞，而是飞机内满载的航空煤油倾泻进入大楼引起的大火所释放出的巨大热量，软化了支撑大楼的钢筋骨架，最终导致世贸中心大楼在自身重力的作用下坍塌。但是，也有一批建筑学家认为仅凭大火并无法令大楼倒塌，有关大楼结构设计的调查依然在进行中。
