HIV核酸检测应在合适的实验室中进行，应建立与实验和实验室管理相关的标准操作指导书和制定严格的管理制度，工作人员必须充分了解各项规定并严格遵照执行。 实验室应设置两个独立的工作区域：核酸扩增前区和核酸扩增后区。核酸扩增前区包
括试剂准备区和样品处理区，设在不同房间或区域；核酸扩增后区包括扩增区和扩增产物分析区，设在不同的房间或区域。各区的功能是：
1.1 试剂准备区：扩增试剂的储备、配制和分装。
1.2 样品处理区：样品登记、处理和分装；核酸提取、保存和使用，PCR扩增的第一轮加样。
1.3 扩增区：核酸扩增。如果在此区进行套式PCR的第二轮加样，应在PCR防护罩内进行。
1.4 扩增产物分析区：扩增产物的电泳、杂交、成像、序列测定、结果分析、登记及报告。
在满足下列要求的前提下，核酸扩增前区或核酸扩增后区可设在一个房间内：
1.4.1 核酸扩增前区实验室内设置两个不同位置的实验区，试剂配置在超净工作台中操作，样品处理在生物安全柜内操作。
1.4.2 在核酸扩增后区使用全封闭的扩增和检测系统时，如实时荧光PCR仪等。
1.4.3 每个实验人员使用各自的试剂、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
1.4.4 在实验前后对操作区域和共享器具进行清洁及消毒。
1.4.5 各区域的试剂、器具、仪器和设备为该区专用，不得交叉使用。 3.1 根据检测项目配备相应的设施和设备。
3.2 各区域的设施和设备为专用，应根据实验要求在相应区域配置。
3.3 试剂准备区：配置冰箱、超净工作台、普通离心机、加样器、振荡器、废弃物容器、可移动紫外灯。
3.4 样品处理区：配置-80℃冰箱、生物安全柜、高速制冷离心机、加样器、振荡器、制冰器或制冷模块、恒温水浴或干浴、上下水设备、废弃物容器、紫外灯。
3.5 扩增区：配置核酸扩增仪、普通冰箱、无层流PCR操作柜或超净工作台、微型离心机、加样器、废弃物容器、紫外灯。
3.6 扩增产物分析区：配置电泳仪、电泳槽、加样器、紫外透射仪、摄影/像设备、普通冰箱、普通离心机、恒温水浴、微波炉、上下水设备、废弃物容器、紫外灯等。测序仪可安置在其他专门实验区。
3.7 各区域应使用专用或一次性工作服、帽子、口罩鞋套及袖套，配备防紫外线眼镜。 必须符合艾滋病实验室的通用生物安全要求。5 .防止核酸残余污染措施 5.1 严格执行实验室分区制度,防止实验室核酸残余（Carry-over）污染措施
5.2 各区域只用于特定的操作，不得从事其它工作。
5.3 仪器和材料的专用制度
仪器、设备、材料、设施均应按工作区域进行标识，不得交叉混用。
5.4 单向工作流向制度
5.4.1 实验室的气流应从扩增前区流向扩增后区，不得逆向流动。建议扩增前区保持弱正压状态，扩增后区保持弱负压状态。
5.4.2 实验人员单向工作流向应该为：试剂准备区→样品处理区→扩增区→扩增产物分析区，不得逆向流动。原则上实验人员在扩增后区工作后当天不能再返回扩增前区工作。
5.4.3 实验用品单向工作流向应该为：试剂准备区→样品处理区→扩增区→扩增产物分析区，不得逆向流动。实验用品包括实验材料（试剂、样品和扩增产物）、实验器材（容器、板架、实验服、帽子、口罩、手套、鞋套）、办公用品（记录纸、笔等）、以及清洁材料等。
5.5 实验室防止核酸残余污染的处理程序
5.5.1 实验前将70%乙醇或0.1～1%次氯酸钠溶液或涂布于操作台或器具表面，两分钟后用纸巾擦净。
5.5.2 实验前移入所需的试剂、耗材、样品以及盛放污染物的盛器。
5.5.3 用于定性与定量核酸检测的所有试剂、耗材、移液器等必须分开使用。实验结束后取出个人专用物品至存放区；封闭污染物盛器并置入污物袋；取出共用器具至存放区；将70%乙醇或0.1～1%次氯酸钠溶液涂布于操作台或器具表面，两分钟后用纸巾擦净；打开紫外灯照射至少1小时。
5.5.4 定期（每周）对实验室进行全面清洁，房间内所有工作台面、地面以及仪器设备表面用70%乙醇或0.1～1%次氯酸钠清洁，用紫外灯进行台面和空气消毒。定期（每月）对移液器进行清洁。
5.5.5 定期（每月）监测和报告实验室核酸残余污染情况，监测部位包括核酸检测前后区域各实验室以及共用走廊等。
5.5.6 每次试验后，将同批试验样品的DNA序列以及与上一批试验样品的DNA序列一起进行遗传进化树污染分析。 6.1 所有废弃物应按照HIV污染物品处理。
6.2 化学物品如溴乙啶处理的琼脂糖凝胶应该按有关方案处理。
