在制造业企业中ERP存在一些不可忽视的问题，其中最主要的是ERP并 不能帮助和指导、分析其生产的瓶颈、改进和控制产品的质量，以对具体的产品生产进行排产。另一方面，即使是好的MES解决方案。对于整个企业来讲，也不过是供一个相对狭窄的视角，缺乏在管理层为进行决策支持所需要的生产执行数据的广度和深度。如果二者之间的信息不能及时传递，将会严重影响企业的信息化进程。但我们可以将MES与ERP系统进行集成，以优化公司的信息管理，更加有力地保证 商业目标的实现。
实现MES与ERP的整合，关键在于业务流 程的优化和整合以及对所涉及MES和ERP系统的具体分析以充分发挥各系统的长项。首先，信息系统都是为业务服务的，MES和ERP各自解决一部分业务问题，分别反映一部分业务流程，流程是MES与ERP整合的“粘合剂”，通过流程的整体优化划分出哪些流程在MES中处理、哪些流程在ERP中处理。需要我们根据企业的实际业务需要，分析所用ERP系统和MES系统的功能特点，对于在两个系统中都可以实现的功能，比较在ERP中实现、在MES中实现、一部分在ERP中实现，另一部分在MES中实现这几种方案分别有哪些优点、哪些缺点，然后决定取舍。需要注意的是，不管MES还是ERP，都有自己的实现逻辑，在决定某功能的“归属”时，一定要保证该功能在所选系统中实现逻辑的完整性。正由于MES与ERP的功取舍、接口设计存在这么多的变数，而MES系统和ERP系统的投资都是很大的，所以，企业在大规模的信息化建设之前，先从业务需要出发来进行统一规划是很重要也很有必要的。