马氏杆法和棱镜分离法检查原理有以下不同点：
1、马氏杆检查方法的原理是在眼前放置马氏杆，让点光源变成直线，从而使双眼物像不同，起到打破融合反射的目的。通过判断点线关系、隐斜性质，根据隐斜的性质决定眼前所加棱镜的方向，然后逐渐增加到点线重合，从而定量检查出隐斜视。马氏杆是双眼视功能检查中必不可少的工具，可以用作水平、垂直隐性斜视、旋转隐性斜视以及不等像的检查。
2、棱镜分离法是投放一横行视标。两眼雾视后的视力的上一行视标，为横行视标的基准。如双眼雾视视力为0.8，则选0.6横行视标。右眼前置棱镜3ΔBU；左眼前插3ΔBD。右眼将0.6横行视标向下位移，左眼将视标向上移。一横行视标被双眼看成两横向平行视标。如果横行视标不能分为两排，再增加棱镜量。
验光师提问患者，上面一排视标与下面一排视标比较，哪一排稍清楚些?患有有三种不同的回答：a、两行视标同等清楚或模糊。认为双眼己调节平衡；b、上一行视标清晰、下一行视标模糊。说明双眼未平衡。左眼
矫正视力好于右眼，验光师在患者左眼前按+0.25D递增，直至右左眼等清。双眼平衡。C、下一行视标清晰、上一排视标模糊。证明右眼矫正视力比左眼好，在右眼前按+0.25D递增，达两眼等清。双眼平衡。如果两眼始终不能同等清晰或模糊。如：右-3.00DS；左-3.50DS。上一
排比下一排清，在左眼前加+0.25DS，下一排比上一排清，就要做优势眼的检查，保持优势眼的视力略好于非优势眼。两眼除去棱镜，先后投放
视力表再投红绿视标，做双眼mpmva检查。用最高正片获最好视力或最低负片最好视力矫正。再做红绿双色试验，达终结点。