法律分析：1、经济适用房针对特殊的主体，适用范围有限，商品房适用所有主体； 2、经济适用房是有限产权，商品房是完全产权； 3、经济适用房不得自由转让，需要满5年后因特殊原因向政府交纳土地出让金后才能转让，商品房可以自由转让。
法律依据：《经济适用住房管理办法》 第三十条 经济适用住房购房人拥有有限产权。购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的，由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款，具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购；购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。