立足于建立促进水资源节约的价格政策，进一步提出了深入推进农业水价综合改革的要点，这些要点充分体现了推进改革的4个关键原则。
首先，多措并举。农业水价综合改革是一个系统工程，其重要特点就是统筹建立用水管理、工程建设和管护、农业水价形成精准补贴和节水奖励等机制。通过机制，实现促进农业节水的作用，保障工程的建设和维护管理，有效避免了长期以来农田水利工程重建设轻管理的弊端，避免出现“短命”工程，促进农田水利工程可持续利用和管理，让农田水利工程发挥长远效益。《意见》提出，不仅要提高水价水平，还要健全水价制度，也就是全面实行超定额用水累进加价，并同步建立精准补贴和节水奖励机制，体现了多措并举、协同发力的原则。
其次，两手发力。改革注重发挥政府和市场的协同作用，农业用水兼有商品和公共产品双重特征，农业水价的制定，既不能完全靠市场调节，也不能完全靠政府补贴。完全靠市场，会造成农业水价过高，农民难以承受，对农产品生产和粮食安全有一定影响；完全靠政府补贴，会造成“福利水”“大锅水”，用水效率低，也影响农田水利工程和水资源持续利用。《意见》明确提出，完成农业节水改造的地区，要充分利用节水腾出的空间提高农业水价，同时建好用好精准补贴和节水奖励机制，总体上不增加农民负担，切实保护农民合理用水权益，这都是坚持政府与市场两手协同发力的具体体现。
第三，因地制宜。农业水价综合改革遵循因地制宜原则，区分不同地区水资源禀赋、灌溉条件、经济发展水平、种植养殖结构等差异状况，结合土地流转、农业经营方式转变，尊重农民意愿，探索符合实际、各具特色的做法，有计划、分步骤推进农业水价综合改革。《意见》提出改革试点地区要将农业水价一步或分步提高到运行维护成本水平，有条件的地区提高到完全成本水平，充分地体现了该原则。
第四，以点带面。由于我国地区发展不均衡，经济、资源环境差异较大，《意见》在完成农业水价综合改革任务方面采取了“区别对待”的方式，明确各方面条件相对具备的北京、上海、江苏、浙江等经济发达省份2020年底前率先完成，以及农田水利工程设施完善的缺水和地下水超采地区要率先完成，新增高效节水灌溉项目区、国家现代农业产业园要率先完成改革任务。这些地区的改革，将形成示范效应，带动全国农业水价综合改革向前推进。