为了使比赛更具有观赏性, 主办方采用两次蛇行排列分成A、B、C、D四组，新加入的学校采用抽签方式确定。第一阶段（开幕式及赛区正选赛）比赛至2006年10月1日—2006年10月8日。采取先分组单循环再交叉淘汰的方式排出赛区前8名位次。第二阶段(全国正选赛8进4)比赛至2006年10月28日—2006年11月18日, 全国男、女八强球队进入本阶段比赛。比赛采取主、客场双循环淘汰制，按照南、北两大赛区成绩交叉排位，抽签决定主、客场顺序，产生男、女全国四强。第三阶段(全国男女四强赛交叉赛)比赛至2006年11月—2006年12月，中国大学生排球联赛八强赛获胜的队伍采取主客场交叉和淘汰的方式，产生男、女1-4名. 第四阶段(全国男女四强赛总决赛)比赛至06年12月—2007年1月, 中国大学生排球联赛南、女前四名球队交叉进行主客场双循环，最终决出全国四强排名。第五阶段(中国大学生排球超级联赛)比赛至2007年3月18日—3月27日，在中国大学生排球联赛中取得男、女全国四强球队将于高水平大学生球队展开角逐，比赛采用赛会制，通过先小组赛在交叉淘汰决出名次。新的赛程设置一定会使今年的联赛较之往年添加更多新的看点，新的体验和新的精彩。
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