当前国内总体来看农田大气环境状况基本良好，但局部地区污染相当严重，如二氧化硫（SO2）污染仍在加重，酸雨形势相当严峻。我国广东、广西上述复合污染的农田面积在450多万米2。大气中的氟化物（F）污染已成为普遍的环境问题，年排放量达50多万吨，其中乡镇企业的排放量约占2/3以上，氟化物污染造成对农业的危害不低于二氧化硫。
另外，空气中的总悬浮微粒（TSP）、一氧化碳（CO）、过氧化物（O3）等等均能对果树及其产品形成污染。大气受到上述污染源的污染时，动物会因吸收有害物质而中毒，严重的死亡；对农作物、果树等植物机体也同样会产生生理、生物化学的变化而表现急性危害，使叶片产生伤斑或枯萎脱落死亡。低剂量的污染则产生慢性危害，使叶片褪绿，即使在植物外表不出现受害症状时，但其生理机能或遗传系统却受到了影响，造成无形的产量下降，品质变坏。
大气中的污染物主要来源于工矿企业、机动运输工具、工业锅炉、民用炉灶等排入大气的有害物质。其中有害气体SO2，我国的年排放量高达1400多万吨，主要排放源是火力发电厂、炼铁厂、工业锅炉等。SO2对果树危害相当普遍，不仅能直接产生危害，而且还能在空气中被氧化，形成酸雨，产生区域性的间接污染。氟化物对植物的毒性要比SO2强10～100倍，不仅有直接危害症状而且对植物污染还能产生累积性，使品质变坏。含氟废气主要来自磷肥厂、炼铝、小钢铁、砖瓦、玻璃、陶瓷等工业，尤其是“三废”治理差的中、小型企业。另外，污染大气的重要一类物质是颗粒物，其中包括有毒重金属的粉尘。在矿石焙烧、金属冶炼及燃料燃烧过程中都会排到大气中大量的重金属的悬浮颗粒物，其中最主要的是铅。在运输繁忙的公路两侧100米以内的果园，果树植株、叶片、果实中含铅量比远离公路的植株高近100倍。
植物不仅可以通过地上部分吸收沉降大气中的重金属微粒，而且也能通过根吸收沉降于土壤中的大气污染物，在农产品中积累，影响人体健康。此外，光化学烟雾对农作物不是一次性污染物，而是一些一次污染物如NO2、CO、CH化合物等在日光作用下生成一系列带有氧化性、刺激性的二次污染物。如臭氧（O3）、硝酸盐的衍生物，对植物绿色部分会造成伤害。