西汉属益州郡贲古县。东汉属益州益州郡贲古县。
三国蜀汉属益州兴古郡贲古县。西晋属宁州兴古郡贲古县。东晋至南朝梁属宁州梁水郡贲古县。北朝周属南宁州。
隋隶南宁州总管府。唐初属剑南道黎州，唐南昭国属通海都督，宋大理国隶秀山郡。
元至元十三年（1276），设蒙自县，属临安路，个旧是蒙自县属五乡中的一乡，同时也是蒙自十二里中的上六里之一，称个旧里。
明朝为一林庄，归临安府蒙自县所辖。 清康熙四十六年（1707）在个旧设厂称“个旧厂”，专收锡、银课税。
光绪十一年（1885），设个旧厅，建立衙署，专管矿务。
民国二年（1913）4月，个旧厅改为个旧县，隶蒙自道。
民国18年（1929），废道后直属云南省。
民国31年（1942）属第三行政督察区（驻建水县）。
民国37年（1948）属第五行政督察区（驻建水县）。
民国38年（1949）第五区驻地迁个旧县。 1950年属蒙自专区。1950年1月27日，个旧县在红河两岸的和邻乡划归新设立的新民县。
1951年1月10日，政务院批准：撤销个旧县，设立个旧市，属云南省辖。其辖区以矿区为主，并将原个旧县的宝华区、天锡区及上方区之一部划归矿区，蒙自县属的大屯区之一部划入，个旧县旧属的云河区并入蒙自县。
1958年9月16日，划归红河哈尼族彝族自治州，自治州人民委员会驻地由蒙自县迁至个旧市。 1958年10月20日国务院全体会议第81次会议决定：撤销蒙自县，将原蒙自县全部地区划归个旧市。撤销开远县，将原开远县的六区全部和七区的4个乡、五区的1个乡划归文山县，其余地区划归个旧市。
1960年9月13日国务院全体会议第103次会议通过：恢复原并入个旧市并撤销的开远、蒙自2县建制，其行政区域仍照原撤并前不变，开远、蒙自2县由个旧市领导。
1961年2月14日，国务院批复：将原由个旧领导的开远、蒙自2县划归红河哈尼族彝族自治州直接领导。
1988年，个旧为云南省计划单列市，行使地州级经济管理权。2003年1月29日，红河州政府驻地由个旧市迁移至蒙自县。 1997年，个旧市辖1个街道、8个镇、4个乡：城区街道、沙甸镇、锡城镇、鸡街镇、大屯镇、乍甸镇、老厂镇、卡房镇、蔓耗镇、贾沙乡、保和乡、倘甸乡、黄草坝乡。 2001年，全市辖1个街道、8个镇、4个乡：城区街道、锡城镇、鸡街镇、大屯镇、乍甸镇、老厂镇、卡房镇、蔓耗镇、沙甸镇、倘甸乡、贾沙乡、保和乡、黄草坝乡。 2003年4月25日，撤销个旧市黄草坝乡、蔓耗镇，合并设立蔓耗镇，镇政府驻原蔓耗镇政府驻地。 2005年，个旧市撤销鸡街镇、倘甸乡和乍甸镇，合并设立鸡街镇，镇政府驻原鸡街镇政府驻地。
