根据《财政部关于印发政府收支分类改革方案的通知》（财预[2006]13号），改革后的政府收支分类体系包括“收入分类”、“支出功能分类”、“支出经济分类”三部分。
（一）收入分类
收入分类主要反映收入的性质和来源。新的收入分类没有再按资金管理的要求分一般预算收入、基金预算收入、债务预算收入等设置科目，而是将上述收入纳入统一的收入分类体系，并具体采用了两种分类方法，一种是按收入形式分类，如税收收入、非税收入，以及税收收入下的增值税、消费税、营业税，非税收入下的行政性收费、罚没收入等，说明收入以何种方式取得；二是按来源分类，有的按所有制结构划分，如增值税下的国有企业增值税、集体企业增值税；有的按部门结构划分，如行政性收费下的文化行政性收费、公安行政性收费；罚没收入下的文化罚没收入、公安罚没收入。说明收入从哪里取得。
改革后的收入分类，类、款两级科目设置情况如下：
1．税收收入。分设23款：增值税、消费税、营业税、企业所得税、企业所得税退税、个人所得税、资源税、固定资产投资方向调节税、城市维护建设税、房产税、印花税、城镇土地使用税、土地增值税、车船税、船舶吨税、车辆购置税、屠宰税、筵席税、关税、耕地占用税、契税、其他税收收入。
2．社会保险基金收入。分设6款：基本养老保险基金收入、失业保险基金收入、基本医疗保险基金收入、工伤保险基金收入、生育保险基金收入、其他社会保险基金收入。
3．非税收入。分设8款：政府性基金收入、专项收入、彩票公益金收入、行政事业性收费收入、罚没收入、国有资本经营收入、国有资源（资产）有偿使用收入、其他收入。
4．贷款转贷回收本金收入。分设4款：国内贷款回收本金收入、国外贷款回收本金收入、国内转贷回收本金收入、国外转贷回收本金收入。
5．债务收入。分设2款：国内债务收入、国外债务收入。
6．转移性收入。分设10款：返还性收入、财力性转移支付收入、专项转移支付收入、政府性基金转移收入、彩票公益金转移收入、社会保险基金补助收入、预算外转移收入、单位间转移收入、上年结余收入、调入资金。
（二）支出功能分类
支出功能分类主要根据政府职能进行分类，说明政府做什么。按联合国《政府职能分类》，一国财政支出的职能分类大体包括四个部分，一是一般政府服务，主要反映政府需要、且与个人和企业劳务无关的活动，包括一般公共管理、国防、公共秩序与安全等，二是社会服务，主要反映政府直接向社会、家庭和个人提供的服务，如教育、卫生、社会保障等，三是经济服务，主要反映政府经济管理、提高运行效率的支出，如交通、电力、农业和工业等；四是其他支出，如利息，政府间的转移支付。
收支分类改革后设置的政府支出功能分类，一方面参考了国外支出的职能分类办法，同时也考虑了我国政府职能构成和财政管理的实际需要。主要功能支出科目（类、款两级科目）设置情况如下：
1.一般公共服务。分设32款：人大事务、政协事务、政府办公厅（室）及相关机构事务、发展与改革事务、统计信息事务、财政事务、税收事务、审计事务、海关事务、人事事务、纪检监察事务、人口与计划生育事务、商贸事务、知识产权事务、工商行政管理事务、食品和药品监督管理事务、质量技术监督与检验检疫事务、国土资源事务、海洋管理事务、测绘事务、地震事务、气象事务、民族事务、宗教事务、港澳台侨事务、档案事务、共产党事务、民主党派及工商联事务、群众团体事务、彩票事务、国债事务、其他一般公共服务支出。
2.外交。分设8款：外交管理事务、驻外机构、对外援助、国际组织、对外合作与交流、对外宣传、边界勘界联检、其他外交支出。
3.国防。分设3款：现役部队及国防后备力量、国防动员、其他国防支出。
4.公共安全。分设11款：武装警察、公安、国家安全、检察、法院、司法、监狱、劳教、国家保密、缉私警察、其他公共安全支出。
5.教育。分设10款：教育管理事务、普通教育、职业教育、成人教育、广播电视教育、留学教育、特殊教育、教师进修及干部继续教育、教育附加及教育基金支出、其他教育支出。
6.科学技术。分设9款：科学技术管理事务、基础研究、应用研究、技术研究与开发、科技条件与服务、社会科学、科学技术普及、科技交流与合作、其他科学技术支出。
7.文化体育与传媒。分设6款：文化、文物、体育、广播影视、新闻出版、其他文化体育与传媒支出。
8.社会保障和就业。分设17款：社会保障和就业管理事务、民政管理事务、财政对社会保险基金的补助、补充全国社会保障基金、行政事业单位离退休、企业关闭破产补助、就业补助、抚恤、退役安置、社会福利、残疾人事业、城市居民最低生活保障、其他城镇社会救济、农村社会救济、自然灾害生活救助、红十字事业、其他社会保障和就业支出。
9.社会保险基金支出。分设6款：基本养老保险基金支出、失业保险基金支出、基本医疗保险基金支出、工伤保险基金支出、生育保险基金支出、其他社会保险基金支出。
10.医疗卫生。分设10款：医疗卫生管理事务、医疗服务、社区卫生服务、医疗保障、疾病预防控制、卫生监督、妇幼保健、农村卫生、中医药、其他医疗卫生支出。
11.环境保护。分设10款：环境保护管理事务、环境监测与监察、污染防治、自然生态保护、天然林保护、退耕还林、风沙荒漠治理、退牧还草、已垦草原退耕还草、其他环境保护支出。
12.城乡社区事务。分设12款：城乡社区管理事务、城乡社区规划与管理、城乡社区公共设施、城乡社区住宅、城乡社区环境卫生、建设市场管理与监督、政府住房基金支出、国有土地使用权出让金支出、城市公用事业附加支出、国有土地收益基金支出、农业土地开发资金支出、其他城乡社区事务支出。
13.农林水事务。分设7款：农业、林业、水利、南水北调、扶贫、农业综合开发、其他农林水事务支出。
14.交通运输。分设4款：公路水路运输、铁路运输、民用航空运输、其他交通运输支出。
15.工业商业金融等事务。分设19款：采掘业、制造业、建筑业、电力、信息产业、旅游业、涉外发展、粮油事务、商业流通事务、物资储备、金融业、烟草事务、安全生产、国有资产监管、中小企业事务、可再生能源、能源节约利用石油价格改革财政补贴、其他工业商业金融等事务支出。
16.其他支出。分设5款：预备费、年初预留、住房改革支出、其他政府性基金支出、其他支出。
17.转移性支出。分设8款：返还性支出、财力性转移支付、专项转移支付、政府性基金转移支付、彩票公益金转移支付、预算外转移支出、调出资金、年终结余。
需要说明的是，支出功能项级科目没有完全按政府职能分类，而是根据预算细化和财政支出统计分析的需要，采用了四种不同的办法。
一是按职能设置：如机关服务、小学教育、中学教育、高中教育、高等教育、中医医院、综合医院等。这类项级科目，着重于相关单位如机关服务中心，小学、初中、高中支出的完整反映。比如小学教育，原来用于小学教育的基本建设支出、教育事业费等都要归集在小学教育科目下，这样能完整反映某个小学的支出，便于自上而下进行统计。
二是按活动设置：以全国人大机关的支出为例。全国人大机关预算分为基本支出预算，项目支出预算。对单位的基本支出，单独设置行政运行科目反映；基本支出之外的项目支出，属于专门活动的，如人大会议、代表培训、代表工作，单设人大会议、代表培训、代表工作反映，其他项目支出，未单设科目的，则设置一般行政管理事务反映。按活动设置项级科目，着重于相关单位支出的细化。如各级人大的支出，通过行政运行、人大会议、代表培训等科目反映，单位的支出被分解，比较细化，也比较透明。
三是分行业设置：对企业的支出，统一按国家统计局新的《国民经济行业分类》设置。比如，在工业商业金融等事务类下的制造业下，设置了纺织业、医药制造业、非金属矿物制造业、电器机械及器材制造业等项，以与国民经济行业统计一致。
四是按资金用途设置：各项专项资金和政府性基金支出，2006年分别在一般预算支出、基金预算支出单设科目反映。为保证管理的延续，2007年支出科目分别在相关功能分类类、款下设置项级科目。如教育附加费支出，在教育类下单独设项反映；养路费支出在交通运输类下的公路和水路运输下单独设项反映。这样在汇总时，不仅教育和交通运输两个功能支出是完整的，而且将上述项级科目单独拿出来，也能够得到整个基金的收支情况。
（三）支出经济分类
支出经济分类主要反映政府支出的经济性质和具体用途。从形式上看，各项财政支出，虽然都表现为资金从政府流出，但最终的经济影响是存在差异的。有些表现为政府的商品和服务购买，直接对社会的生产和就业产生影响，并最终影响资源配置；有些表现为资金的无偿转移，关系到收入分配，最终对社会生产和就业产生间接影响。支出按功能分类后再按经济分类，除了要细化预算，说明政府各项职能的具体支出差别，如是发了工资，购置低值易耗的办公用品，还是购置资本性资产外。重要一点，就是方便对政府的支出进行经济分析。
支出经济分类设类、款两级，科目设置情况如下：
1．工资福利支出。分设11款：基本工资、津（补）贴、奖金、住房公积金、提租补贴、购房补贴、福利费、社会保障缴费、伙食费、伙食补助费、其他工资福利支出。
2．商品和服务支出。分设30款：办公费、印刷费、咨询费、手续费、水费、电费、邮电费、取暖费、物业管理费、交通费、差旅费、出国费、维修(护)费、租赁费、会议费、培训费、招待费、专用材料费、装备购置费、工程建设费、作战费、军用油料费、军队其他运行维护费、被装购置费、专用燃料费、劳务费、委托业务费、工会经费、其他商品和服务支出。
3．对个人和家庭的补助。分设14款：离休费、退休费、退职（役）费、抚恤金、生活补助、救济费、医疗费、助学金、奖励金、生产补贴、住房公积金、提租补贴、购房补贴其他对个人和家庭的补助支出。
4．对企事业单位的补贴。分设4款：企业政策性补贴、事业单位补贴、财政贴息、其他对企事业单位的补贴支出。
5．转移性支出。分设4款：不同级政府间转移性支出、同级政府间转移性支出、不同级预算单位间转移性支出、同级预算单位间转移性支出。
6．赠与。下设2款：对国内的赠与、对国外的赠与。
7．债务利息支出。分设6款：国库券付息、向国家银行借款付息、其他国内借款付息、向国外政府借款付息、向国际组织借款付息、其他国外借款付息。
8．债务还本支出。下设2款：国内债务还本、国外债务还本。
9．基本建设支出。分设9款：房屋建筑物购建、办公设备购置、专用设备购置、交通工具购置、基础设施建设、大型修缮、信息网络购建、物资储备、其他基本建设支出。
10．其他资本性支出。分设9款：房屋建筑物购建、办公设备购置、专用设备购置、交通工具购置、基础设施建设、大型修缮、信息网络购建、物资储备、其他资本性支出。
11．贷款转贷及产权参股。分设6款：国内贷款、国外贷款、国内转贷、国外转贷、产权参股、其他贷款转贷及产权参股支出。
12．其他支出。分设5款：预备费、预留、补充全国社会保障基金、未划分的项目支出、其他支出。
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