焦亚硫酸钠对皮肤、粘膜有明显的刺激作用，可引起结膜、支气管炎症状。有过敏体质或哮喘的人，对此非常敏感，皮肤直接接触可引起灼伤。焦亚硫酸钠不燃，有毒，具刺激性。
焦亚硫酸钠可以作为食品添加剂。焦亚硫酸钠比亚硫酸盐有更强烈的还原性，作用与亚硫酸钠相似。我国规定可用于蜜饯、饼干、食糖、冰糖、饴糖、糖果、葡萄糖、液体葡萄糖、竹笋、蘑菇和蘑菇罐头，最大使用量0.45g/kg。蜜饯、竹笋、蘑菇及蘑菇罐头、葡萄和黑加仑浓缩汁的残留量(以SO2计)小于0.05g/kg；饼干、食糖、粉丝及其他品种的残留量小于0.1g/kg；液体葡萄糖的残留量不得过0.2g/kg。食品工业用作漂白剂、防腐剂、疏松剂、抗氧化剂、护色剂及保鲜剂。