如果自建房建在耕地等农用地上，则基本属于违建。
《土地管理法》第62条规定，农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
《国土资源部关于加强农村宅基地管理的意见》第（十）项规定，农村村民新建、改建、扩建住宅，要充分利用村内空闲地、老宅基地以及荒坡地、废弃地。凡村内有空闲地、老宅基地未利用的，不得批准占用耕地。利用村内空闲地、老宅基地建住宅的，也必须符合规划。据此，农村村民未经审批在农用地上建住宅，将面临两个后果：一是住宅本身属于违建，遇征收时原则上不予补偿；二是建设行为本身涉嫌非法占地，当地国土部门有权依据《土地管理法》第77条、第83条之规定责令退还非法占用的土地，限期拆除新建的房屋。逾期不起诉又不自行拆除的，国土部门有权依法申请人民法院强制执行，即房屋最终可能面临被司法强拆的厄运。
如果自建房建在宅基地上，则要区分情况处置：
首先需要明确的一件事儿是，即使是在自家的、经过确权登记颁证的宅基地范围内，农村村民也不能随便新建、扩建房屋。要建房，必须经过审批，这是基本的原则。
根据《城乡规划法》的规定，在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。《北京市城乡规划条例》规定，在规划农村地区，村民使用原有宅基地进行村民住宅建设，可以实行规划许可管理，规划许可管理应当依据村庄规划进行，管理应当与服务相结合，并发挥村民委员会的作用，具体办法由市人民政府制定。
据此，有一点是可以明确的，农村村民要使用自己的宅基地新建房屋，实施的是规划许可管理。换言之，没有经过规划许可审批，获得乡村建设规划许可证而直接建房的，从严格的法律意义上讲是违法的。
如何合法的在农村建住宅？
《国土资源部关于加强农村宅基地管理的意见》第（六）项规定，农村村民建住宅需要使用宅基地的：
应向本集体经济组织提出申请；
并在本集体经济组织或村民小组张榜公布；
公布期满无异议的，报经乡（镇）审核后，报县（市）审批；
经依法批准的宅基地，农村集体经济组织或村民小组应及时将审批结果张榜公布。
第（七）项进一步规定，在宅基地审批过程中，乡（镇）国土资源管理所要做到“三到场”。即：
1.受理宅基地申请后，要到实地审查申请人是否符合条件、拟用地是否符合规划等；
2.宅基地经依法批准后，要到实地丈量批放宅基地；
3.村民住宅建成后，要到实地检查是否按照批准的面积和要求使用土地。