截至2016年3月，学校设有9个二级学院，40个专业，其中石油化工生产技术和健康管理为“3+2”本科专业。
学校现设有二级学院
【航海学院】
航海学院2010年11月经上级主管部门批准建立，学院分别设有航海技术、轮机工程技术、国际邮轮乘务三个专业，学制三年，专职专业教师48人，兼职教师18人，其中双师型教师达90%以上，三年在校全日学生2300多人。为适应国民经济建设、国防建设和科技发展的需要，航海学院不断深化专业内容、课程设置和课程体系的改革，坚持走‘理论结合实践’之路，在保持专业特色的基础上不断深化专业内涵建设。海科院航海学院是海上交通运输领域船员教育11规则标准学院。航海实验实训教学中心实行校院共同管理，是以航海实验实训为主，覆盖多学科、多专业的综合性实验实训教学中心。中心的教学组织、仪器设备管理和实验队伍建设等工作均按照ISO9001质量管理体系文件要求进行，并接受DNV（挪威船级社）和国家海事局的审核。目前，中心主要面向专科生、高级船员培训班学员、非航海类专业高级船员培训班学员、单招统招生、继续教育专科生和普通船员5个层次的航海类专业学生，学院严格按照《国际航行船舶船员专业英语考试和发证办法》对学生组织实施英语教学，培养符合国际航行船舶船员要求的专业人才
【信息工程学院】
信息工程学院创建于2008年，是我校成立最早的院系之一。根据学校服务地方和培养应用型人才的办学定位，学院不断调整专业设置，加强课程建设，深化教学改革。学院由原来1个专业发展到现在的4个专业，课程也由原来的1门校级精品课程发展到现在的5门校级精品课程。现建有校级计算机实验教学示范中心、移动通信技术（研究）中心、网络与信息安全技术（研究）中心等教学和科研机构，这对我院今后学科发展和专业设置调整创造了良好的基础。目前我院专业结构与布局基本合理，与国际旅游岛IT主导行业需求紧密对接，在校级重点专业和重点学科支撑下，教学条件得到逐步改善，教学质量得以稳步提升，学科和专业发展逐渐进入良性轨道。
【经济管理学院】
国际旅游与经济管理学院是2010年8月由原经管学院、外语学院、物流学院按专业群整合而成的二级学院。学院现有工商企业管理、市场营销、会计、旅游管理、酒店管理、物流管理、报关与国际货运七个专业。学院设有旅游教研室、财经教研室，由教学管理经验丰富的专家和教授担任教研室主任。学院筹建了现代物流开放性实训中心、会计电算化实训室、会计手工做账实训室、导游技能实训室、ERP沙盘实训室、酒店客房与餐饮实训室等；有机房2个，多媒体教室19个。学院现有教职员工76人（含校内兼职和社会兼职教师和高级技师），其中教授、副教授、高级会计师、高级经济师、高级技师、高级经营师、高级物流师等副高级以上23人；具有大型企业3年以上实践管理经验的“双师型”教师37人；我院的师资队伍不仅能够保证各门课程的教学质量，并能完全满足学生实习实训操作指导需要，确保了各专业人才培养方案的实现；培养出来的高端技能型、应用性人才深受企业欢迎，并得到了企业的高度评价“用得着、留得下、靠得住”。
【建筑工程学院】
建筑工程学院是在国家确定将海南省建设成为国际旅游岛的大背景下诞生的，是海南科技职业学院重点建设的六大专业学科群之一。现有建筑设计技术、建筑装饰工程技术、建筑工程技术、工程造价4个专业。建有建筑施工实训室、工程测量实训室、工程制图实训室、工程造价软件机房等一批实训室。有一支结构合理、素质较高的专兼职教师队伍。教师队伍中有教授7人，副教授10人，讲师6人，硕士研究生10人，博士研究生2人，双师型教师13人。质量工程建设取得了长足的发展，建设了一批精品共享课程，建设了工程造价优秀教学团队和工程造价特色专业。为了加强学生实践能力的培养，学院与海南建筑工程总公司、海南省一建、二建，广西四建海南分公司、海南百佳兴监理公司、江西建工机械施工有限公司海南分公司等省内外十几家大型建筑工程公司、工程造价公司、工程监理和工程咨询公司建立了长期合作办学的联系，为学生的实习、实训、实践创造了良好的条件，为培养建筑工程高级专门技术技能型应用型人才打下了坚实基础。
【生物与化学工程学院】
生物与化学工程学院成立于2008年，现有石油化工生产技术、生物制药技术、精细化学品生产技术三个专业。具有一支结构合理、专业基础雄厚的师资队伍。目前有教授7人，副教授7人，讲师12人，具有高级工、技师、工程师等职称的教师11人；其中博士生导师3人，硕士生导师2人，博士4人，硕士12人，在读硕士7人；有省级教学名师1人，校级教学名师2人，2013、2014、2015连续三年被评为校师德师风建设先进集体。
学院拥有完善的教学设备设施，实训设施总建筑面积近万平方米，仪器设备2186台（件），价值780余万元。目前已建成重点实训基地“炼油常减压仿真工厂”、 “油品分析实训室”、“化工单元操作实训室”等7个实训室；2011年8月经国家人力资源和社会保障部批准建立“化工职业技能鉴定站”，具有“化学分析工”等22个工种的职业鉴定资格，是海南省唯一的“化工行业特有工种职业技能鉴定站”，全年面向社会及在校生开展职业技能鉴定，2014年被评为全国职业技能鉴定先进单位；2015年起开始申请石油化工产品质量检测认证资质，建成后将面向海南石化企业开展产品检测等业务。
【艺术与设计学院】
艺术设计学院是海南科技职业学院的二级学院。随着艺术学院的不断发展，共有专任教师15名，其中具有副高级以上职称的教师3名，研究生中级职称教师4名，双师型教师14名，讲师4名；学院建设校内实验实训室共8间，校外实训基地6个；
为提高学院学生学历，2011年10月成功与海南大学联合开设了专接本艺术设计专业本科班，学生在入校后即可报名参加专科套读本科，学生在获取专科毕业证的同时，经考试合格，可获取海南大学本科学历证和学位证。
学院所属专业有：5个统招专业（广告设计与制作、艺术设计、动漫设计与制作、旅游工艺品设计、工程造价）；3个助学自考专业（视觉传达设计、服装设计）
【太阳能工程学院】
太阳能工程学院现有太阳能光电应用技术专业学生300多人，教职工18人，其中教授5名（含博士生导师1名），研究生及中级以上职称者占总比例超过总人数80%。此外，学院还拥有先进的基础课、专业课实验室5个，多媒体教室5个，校外实验实训基地2个。优越的办学条件为我院教学、科研工作的顺利进行奠定了坚实的基础。
学院课程设置分为基础课、专业基础课、专业课，根据用人单位的人才规划要求，包括：大学物理、电工学、机械制图、数字电子技术、模拟电子技术、PLC控制器原理与应用、光学材料与原理、半导体物理与器件、材料科学概论、太阳能利用技术、光伏系统概论、材料加工CAD、太阳能光伏电池及应用、太阳能光热应用技术、太阳能光伏发电技术、光伏材料加工技术、光伏发电系统设计与施工、并网太阳能发电技术、太阳能建筑一体化等课程。
学院所属专业有：太阳能光电应用技术；光伏材料应用加工技术；
【机电工程学院】
机电工程学院现有学生1000多人，教职工50多人，其中高级职称的老师有18人，现建设有实验实训基地32个，机器人竞赛实训室、金工实训中心、产品陈列实训室、数控仿真实训室、3D扫描与快速成型实训室、气焊实训室、电焊实训室、模具拆装实训室、制图模型陈列室、机械设计、模具、刀具示教室、数控实训中心、精密加工实训室以及其他实验室。
学院所属专业有：机械设计与制造、数控技术、模具设计与制造、汽车检测与维修、机电一体化和应用电子技术等6个统招专业。 《一种稀土芳香羧酸有机配合物及其制备方法》
《一种浸渍法制备负载型铁基复合催化剂的方法》
《一种四元稀土有机配合物及其制备方法》
《由甲醇制低碳烯烃的催化剂及其制备方法》
《一种无机—并五苯类物质复合半导体材料及其制备方法》
《一种合成生物油用酸化固体催化剂的制备方法》
《超临界法酸化固体催化制备生物柴油的方法》
《一种废聚酯的解聚方法》 《中国民办高校融资问题研究》
《网路环境下利用移动设备进行在线学习的有效模式研究》
《职业技能大赛对职业教育发展的影响力研究》
《新型非硅太阳能电池制备的研究》
《甲醇柴油的生产及其应用研究》
《基于完善法人治理结构的民办高校章程建设》 《高效管理与大学生权利保护热点法律问题》
《民办高校需要好校长》
《职业技能大赛对职业教育发展的影响力研究》
《国家社会科学基金一般项目我国企业总会计师体制改革研究》
《海南国际旅游岛口岸构建研究》
